结论：工人离职后仍在做工资并已进行个税申诉，这种情况需要分步骤妥善处理，既要保障自身合法权益，也要确保税务申报的合规性。以下是具体分析和建议：

1. 核实工资发放的真实性
   首先，需要确认离职后是否确实收到了原单位发放的工资。如果工资是真实发放的（例如因工作交接、项目结算等原因产生的延迟支付），那么需要与原单位沟通，明确工资性质、金额及发放依据，并要求单位提供相关证明材料（如工资条、银行流水、离职协议等）。
   如果工资并非真实发放（例如单位误发、虚报工资以偷逃税款等），则需要进一步采取措施。

2. 个税申诉的处理流程
   如果已通过个人所得税APP或其他渠道提交了申诉，税务机关会受理并展开调查。此时需要配合税务机关提供相关证据材料（如离职证明、银行流水、劳动合同等），以证明工资发放与实际情况不符。税务机关会根据调查结果调整应纳税额，并可能对单位进行税务处罚。
   注意：申诉期间，建议保留好所有与原单位的沟通记录及证据材料，以备后续需要。

3. 与原单位的沟通与协商
   无论工资是否真实发放，都建议与原单位进行友好沟通，明确问题原因并协商解决方案。如果单位存在过错（如误发工资、虚报个税等），可以要求单位更正税务申报并补缴或退还多缴的税款。如果单位拒绝配合，可以向当地劳动监察部门或税务机关投诉。

4. 法律风险防范
   如果单位存在虚报工资、偷逃税款等违法行为，可能会面临税务处罚甚至刑事责任。作为离职员工，虽然不直接承担法律责任，但需要确保自身税务申报的合规性，避免因单位行为而受到牵连。
   建议：定期查询个人纳税记录，确保所有收入均已合法申报。

5. 后续行动建议

   • 如果税务机关已介入调查，耐心等待调查结果，并配合提供材料。
     
   • 如果单位拒绝更正税务申报，可以向当地税务局举报单位违法行为。
     
   • 如果因单位行为导致个人税务信用受损，可以要求单位出具书面说明并协助修复信用记录。

总结：离职后发现工资发放异常并已进行个税申诉，关键在于核实工资真实性、配合税务调查、与单位协商解决，并防范潜在法律风险。如果有任何疑问或需要进一步帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。