结论：提交仲裁后，即使公司不认可，仲裁机构一般也会直接立案受理，但最终裁决结果取决于双方提交的证据和仲裁庭的认定。
详细分析：
仲裁立案的基本原则：
- 仲裁机构在受理案件时，主要依据的是申请人提交的仲裁申请书和相关证据材料，而不是被申请人的认可或同意。只要仲裁申请符合法定条件，如明确的被申请人、具体的仲裁请求和事实理由、属于仲裁协议约定的仲裁范围等，仲裁机构就应当受理。
公司不认可的影响：
- 公司不认可仲裁申请，并不影响仲裁机构的立案。立案后，仲裁庭会组织双方进行开庭审理，听取双方的陈述和辩论，审查双方提交的证据，并根据事实和法律作出裁决。
- 如果公司认为仲裁申请不成立或存在争议，它可以在仲裁过程中提出反驳意见和证据，试图影响仲裁庭的裁决结果。但这并不改变仲裁机构已经立案的事实。
仲裁裁决的效力：
- 仲裁裁决一旦作出，即具有法律效力，对双方当事人都有约束力。如果公司不履行裁决，申请人可以向人民法院申请强制执行。
- 当然，如果公司认为仲裁裁决存在错误或违法情形，它也可以在法定期限内向人民法院申请撤销裁决或不予执行裁决。但这需要公司提供充分的证据来证明裁决的错误或违法性。
法律建议：
- 在提交仲裁申请前，建议你充分收集和整理相关证据材料，确保仲裁请求有充分的事实和法律依据。
- 如果公司不认可仲裁申请，你无需过于担心，因为仲裁机构的立案并不取决于公司的认可。你只需积极准备仲裁过程中的陈述和辩论，以及提交有力的证据来支持你的仲裁请求。
- 如果仲裁裁决作出后，公司不履行或提出异议，你可以根据具体情况向人民法院申请强制执行或应对公司的撤销或不予执行申请。
后续行动：
- 如果你已经提交了仲裁申请但尚未收到立案通知，可以联系仲裁机构查询案件进展情况。
- 如果在仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。