工龄工资被克扣是否合法，主要取决于用人单位是否有正当理由、规章制度是否合法有效以及劳动合同的相关约定。以下从不同角度进行详细分析：
合法情形
规章制度有明确规定且合理：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了扣减工龄工资的具体情形，如员工无故旷工、绩效考核不达标等，并且这些规定经过了民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），同时已向员工公示，确保员工知晓并理解其内容，那么在员工违反这些规定时，用人单位可依据规章制度扣减工龄工资。
劳动合同有明确约定：
- 若劳动合同中明确规定了扣减工龄工资的条件和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合约定条件时扣减工龄工资是合法的。例如，劳动合同中可能约定，若员工因个人原因造成公司重大损失，公司有权扣减一定比例的工龄工资作为赔偿。
不合法情形
无制度依据或制度不合法：
- 如果用人单位没有相关规章制度，或者规章制度未经合法程序制定，或者内容违反法律法规强制性规定（如未经民主程序制定或未向员工公示的规章制度），那么扣减工龄工资就是不合法行为。
随意扣减且无正当理由：
- 用人单位不得随意以各种不合理的理由扣减员工的工龄工资。工龄工资作为员工工资的组成部分，其扣减需有明确的正当理由。例如，用人单位不能仅因自身经营效益不佳而单方面决定扣减全体员工的工龄工资，且未与员工协商一致。
违反劳动合同约定：
- 即使劳动合同中有扣减工龄工资的约定，但若在实际执行时违反了该约定的具体条件和方式，同样构成不合法行为。例如，劳动合同中约定扣减工龄工资需经员工同意，但用人单位未经员工同意就擅自扣减。
劳动者应对措施
- 沟通协商：遇到工龄工资被扣除的情况，劳动者首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣除的理由和依据。
- 投诉举报：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由相关部门进行调查处理。
- 申请仲裁或诉讼：必要时，劳动者还可申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
- 《劳动保障监察条例》第二十六条：用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的；（二）支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的；（三）解除劳动合同未依法给予劳动者经济补偿的。
综上所述，工龄工资被克扣是否合法需综合考虑多个因素。劳动者在面对此类问题时，应充分了解相关法律法规，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。