结论：扣除工龄补贴是否合法，需根据具体情况判断，包括扣除的原因、依据以及是否符合相关法律法规和劳动合同的约定。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣除的情况
劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了工龄补贴的扣除条件和方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除工龄补贴是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
劳动者存在过错或违反公司规定：
- 如果劳动者存在严重违反公司规章制度、失职、营私舞弊等行为，给公司造成重大损失，公司可以根据相关规定扣除工龄补贴作为惩罚或赔偿。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者应当遵守劳动纪律和职业道德，履行劳动合同约定的义务。若劳动者违反，用人单位有权采取相应措施。
公司经营困难或调整薪酬结构：
- 在公司经营困难或进行薪酬结构调整时，如果公司能够证明扣除工龄补贴是出于必要且合理的考虑，并且已经与劳动者进行了充分沟通和协商，那么这种扣除也可能是合法的。
- 注意点：这种情况下，公司需要确保扣除行为不违反法律法规的强制性规定，并且已经履行了必要的程序，如与工会或职工代表协商等。
二、非法扣除的情况
无合法依据或违反法律法规：
- 如果公司扣除工龄补贴没有合法的依据，或者违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这种扣除就是非法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若扣除工龄补贴后工资低于最低工资标准，则构成违法。
未与劳动者协商一致：
- 即使公司有扣除工龄补贴的合法依据，但如果未与劳动者进行充分沟通和协商，单方面决定扣除，也可能构成违法。
- 法律依据：依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者变更劳动合同内容（包括薪酬结构）应当协商一致，并采用书面形式。
三、建议与措施
审查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应首先审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解工龄补贴的扣除条件和方式是否合法合规。
与公司沟通协商：
- 如果认为公司扣除工龄补贴的行为不合法或不合理，劳动者可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的依据和理由，并寻求解决方案。
寻求法律援助或投诉：
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结：扣除工龄补贴是否合法取决于多种因素，包括扣除的原因、依据以及是否符合相关法律法规和劳动合同的约定。劳动者在面对这种情况时，应首先审查自己的劳动合同和公司规章制度，然后与公司进行沟通协商，必要时寻求法律援助或投诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。