国企医院合同制员工的劳动关系是受法律保护的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，无论用人单位是国有企业、私营企业还是其他类型的企业，只要与劳动者建立了劳动关系，就应当签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。国企医院作为用人单位，其与合同制员工签订的劳动合同同样受到法律的保护。

2. 合同制员工的权益：

   • 合同制员工在国企医院工作期间，享有与正式员工相似的权益，包括但不限于劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、社会保险和福利等。这些权益都受到《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的明确保护。

3. 劳动合同的效力：

   • 只要国企医院与合同制员工签订的劳动合同是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该劳动合同就是有效的。双方都应当按照劳动合同的约定履行各自的义务，任何一方违反劳动合同的约定，都应当承担相应的法律责任。

4. 特殊情况下的保护：

   • 在某些特殊情况下，如国企医院进行改制、合并、分立等，合同制员工的劳动关系可能会受到影响。但根据相关法律法规的规定，用人单位在这些情况下应当妥善处理与劳动者的劳动关系，保障劳动者的合法权益不受侵害。例如，在国企医院改制过程中，如果用人单位决定继续留用合同制员工，那么应当与员工重新签订劳动合同或者对原劳动合同进行变更；如果用人单位决定不再留用合同制员工，那么应当按照法律法规的规定支付经济补偿金等。

5. 法律建议：

   • 对于国企医院的合同制员工来说，为了更好地维护自己的合法权益，建议在与用人单位签订劳动合同时，仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。同时，在工作过程中，也应当保留好与用人单位相关的证据材料，如工资单、工作证、考勤记录等，以便在发生劳动争议时能够提供有力的证据支持。

总结来说，国企医院合同制员工的劳动关系是受到法律保护的。无论是从法律基础、合同制员工的权益、劳动合同的效力还是特殊情况下的保护等方面来看，合同制员工都享有相应的法律保障。如果合同制员工在工作中遇到任何问题或权益受到侵害，都可以依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。