结论：小区业委会将架空层改成商铺出租是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及架空层的产权归属、规划用途以及是否经过法定程序变更用途等因素。以下从不同角度进行分析：
一、架空层的产权归属
产权属于全体业主：
- 如果架空层在规划时即作为公共空间，且未计入公摊面积，其产权通常归全体业主共有。在此情况下，业委会无权擅自改变其用途并出租，除非经过全体业主的同意或符合相关法律法规的规定。
产权属于开发商：
- 如果架空层在规划时即作为独立产权部分，且已计入公摊面积或明确为开发商所有，那么开发商有权对其进行处理。但即便如此，改变用途并出租也需符合相关法律法规和规划要求，且可能需经过相关部门的审批。
二、规划用途与变更程序
规划用途：
- 架空层在规划时通常有明确的用途，如作为公共活动空间、绿化区域等。如果业委会擅自改变其用途为商铺出租，可能违反了规划用途，构成违法行为。
变更程序：
- 如果业委会希望改变架空层的用途，需按照相关法律法规和规划要求，经过法定程序进行变更。这通常包括向相关部门提出申请、提交变更方案、经过审批等步骤。未经法定程序变更用途，擅自出租可能面临法律风险。
三、法律后果与风险
法律后果：
- 如果业委会擅自改变架空层用途并出租，可能面临行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。同时，如果因此给业主造成损失，业委会还需承担民事赔偿责任。
风险防范：
- 为避免法律风险，业委会在改变架空层用途前，应充分了解相关法律法规和规划要求，确保变更程序的合法性和合规性。同时，应征求全体业主的意见，确保变更方案得到大多数业主的支持。
四、实际操作建议
调查产权归属：
- 业委会应首先调查架空层的产权归属情况，明确其是否属于全体业主共有或开发商所有。
了解规划用途：
- 查阅相关规划文件，了解架空层的规划用途和变更程序要求。
征求业主意见：
- 在改变用途前，应征求全体业主的意见，确保变更方案得到大多数业主的支持。
依法申请变更：
- 如果符合变更条件，应按照法定程序向相关部门提出申请，并提交变更方案。
签订合法合同：
- 如果变更用途并出租获得批准，应与承租人签订合法有效的租赁合同，明确双方的权利和义务。
总结：小区业委会将架空层改成商铺出租是否合法，需根据具体情况判断。在操作过程中，业委会应充分了解相关法律法规和规划要求，确保变更程序的合法性和合规性，并征求全体业主的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。