结论前置：公司与劳动者签订聘用协议但实际履行劳动合同的，在符合一定条件下可以确定存在劳动关系。以下从不同角度进行分析：

法律关系认定的核心要素

根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条，劳动关系的认定需同时满足三个核心要素：

1. 主体资格：用人单位和劳动者需符合法律规定的主体资格（如用人单位需依法成立，劳动者需达到法定年龄且未享受养老保险待遇）。
2. 管理关系：劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。
3. 业务组成：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

关键点：即使双方签订的是“聘用协议”，只要实际履行中符合上述要素，仍可能被认定为劳动关系。例如，若劳动者接受公司考勤管理、按公司指令完成工作任务，且其工作内容属于公司核心业务范围，则劳动关系成立。

合同名称与实际履行的法律后果

1. 合同名称不影响实质关系
   根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同的必备条款包括工作内容、工作地点、劳动报酬等。若“聘用协议”实际包含这些条款，且双方按协议履行（如公司支付工资、劳动者提供劳动），则协议本质属于劳动合同。此时，合同名称不影响劳动关系认定。

2. 例外情形：劳务关系或民事合同关系
   若劳动者属于以下情形，即使签订“聘用协议”，也可能不被认定为劳动关系：

   • 已依法享受养老保险待遇或领取退休金（《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十二条）；
   • 从事家政服务、个体工匠帮工等非劳动法调整的民事关系（参考私域知识中“五种不能认定为劳动关系的情形”）。

实务中的举证责任与风险

1. 劳动者举证要点
   若劳动者主张劳动关系，需提供证据证明实际履行情况符合劳动关系要素，例如：

   • 工资支付记录（银行流水、转账凭证）；
   • 考勤记录（打卡记录、请假审批）；
   • 工作证、工服等身份证明；
   • 工作内容相关的文件（如任务分配单、项目合同）。

2. 用人单位风险
   若公司未签订书面劳动合同但被认定存在劳动关系，可能面临以下后果：

   • 支付未签合同双倍工资差额（《劳动合同法》第八十二条）；
   • 补缴社会保险；
   • 承担工伤赔偿等责任。

建议与行动方案

1. 对劳动者的建议

   • 保留实际履行的证据（如工资条、工作记录）；
   • 若公司否认劳动关系，可向劳动仲裁委申请确认劳动关系，再主张相关权益（如工伤赔偿、经济补偿）。

2. 对用人单位的建议

   • 规范合同签订，避免使用“聘用协议”“合作协议”等模糊名称；
   • 明确约定权利义务，避免混淆劳动关系与劳务关系；
   • 依法为劳动者缴纳社保，降低法律风险。

总结：合同名称并非决定性因素，劳动关系认定需结合实际履行情况。若您遇到具体纠纷，可直接向我咨询，我会结合证据材料为您详细分析。