请假后扣工时扣加班工时是否合法，需根据具体情况细致分析。以下是从不同角度进行的详细分析：

一、一般原则：请假与加班费无直接联系

请假是劳动者因个人原因暂时离开工作岗位的行为，而加班费是劳动者在规定工作时间之外提供劳动所获得的额外报酬。原则上，用人单位不能因为劳动者请假而扣除其应得的加班费。这是因为加班费是劳动者额外劳动的报酬，与请假行为无关。因此，从一般法律原则出发，请假扣加班工时是不合法的。

二、特殊情况下请假扣加班工时的合法性分析

尽管原则上请假扣加班工时是不合法的，但在某些特殊情况下，如果双方有明确的约定，或者用人单位的规章制度有相关规定，并且这些约定或规定符合法律法规的要求（如经过民主程序制定、向劳动者公示或告知等），那么请假扣加班工时可能在一定程度上被认定为合法。具体情形包括：

1. 符合规章制度且经过民主程序制定：

   • 若公司的规章制度明确规定请假可以抵扣加班工时，并且该制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知（如通过内部公告、员工手册等方式），那么在符合规定的情况下，这种扣除可能是合法的。

2. 与劳动者有事先约定：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同或其他书面协议中事先约定了请假可以扣加班工时的情形，并且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准、不侵犯劳动者休息权等），那么按照约定执行也是合法的。

三、不合法情况及其法律后果

在以下情况下，请假扣加班工时将被认定为不合法：

1. 规章制度违法或未经法定程序制定：

   • 如果用人单位的规章制度本身存在违法条款（如规定请假必须扣加班工时且无法定依据），或者规章制度的制定没有经过民主程序，也没有向劳动者公示或告知，那么依据这样的规章制度扣除加班工时是不合法的。

2. 扣除行为显失公平或不合理：

   • 用人单位随意扣除劳动者的加班工时来抵请假时间，或者扣除的比例明显不合理（如请假一天扣三天加班工时），对劳动者显失公平，这种扣除行为也是不合法的。

3. 违反劳动法律法规的其他情形：

   • 如果扣除加班工时导致劳动者的工资待遇低于法定标准（如低于当地最低工资标准），或者影响了劳动者依法享有的其他权益（如休息权、休假权等），那么这种扣除行为同样是不合法的。

对于不合法的请假扣加班工时行为，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位支付被扣除的加班费，并可能获得相应的赔偿（如加付赔偿金）。同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的警告、责令改正等法律后果。

四、建议与总结

1. 劳动者应了解自己的权益：

   • 劳动者应清楚加班费的性质和法律规定，了解自己的合法权益不受侵犯。在请假时，应明确询问用人单位是否会扣除加班工时，并保留好相关证据（如请假条、工资条等）。

2. 用人单位应遵守法律法规：

   • 用人单位在制定规章制度或与劳动者约定时，应确保内容合法合规，并经过民主程序制定和公示告知。在处理请假和加班工时问题时，应遵循公平、合理的原则，不得侵犯劳动者的合法权益。

综上所述，请假扣加班工时的合法性需根据具体情况进行判断。在一般情况下，由于加班费与请假无直接联系，用人单位不能因劳动者请假而扣除其加班费。但在特殊情况下，如果双方有明确的约定或用人单位的规章制度有相关规定，并且符合法律法规的要求，那么请假扣加班工时可能在一定程度上被认定为合法。然而，无论何种情况，用人单位都应严格遵守劳动法的相关规定，确保劳动者的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。