结论：生病可以请假，且一般情况下，因病请假企业不应扣发全部三个月工资，而是应按照法律规定支付病假工资或疾病救济费，具体支付标准需根据实际情况确定。
一、生病请假的合法性
员工因生病需要请假是合法的，这是员工的基本权益之一。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，员工在患病或非因工负伤治疗期间，有权享受医疗期，并在医疗期内获得相应的病假工资或疾病救济费。
二、病假工资的支付标准
基本法规：
- 根据法律规定，员工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，企业需按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。
- 病假工资或疾病救济费的支付标准可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则企业支付给员工的病假工资最低不能低于1600元。
计算基数与系数：
- 病假工资的计算基数通常根据劳动合同约定的工资标准确定；若劳动合同无约定，则按集体合同执行；两者均无时，按员工正常出勤月工资的70%确定。
- 病假工资的计算系数依据员工的连续工龄确定，例如，连续工龄不满两年的，病假工资为本人工资的60%；满两年不满四年的，为70%；以此类推，直至连续工龄满八年及以上的，为100%。
医疗期的确定：
- 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。
- 医疗期的长短根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，一般为3个月到24个月不等。具体如：实际工作年限10年以下，本单位工作年限5年以下的，医疗期为3个月；5年以上的，为6个月。
三、企业扣发工资的特殊情况
事假与病假的区别：
- 如果员工请的是事假（即因个人事务请假），企业一般可以不支付事假期间的工资，即会扣发相应请假天数的工资。但病假与事假不同，病假期间企业应支付病假工资或疾病救济费。
虚假病假或违规请假：
- 若员工未按照公司规定的请假流程请假，或提供虚假的病假证明等，企业可能按旷工等违纪行为处理，包括扣发工资甚至解除劳动合同。但这种情况并不等同于企业可以随意扣发员工三个月工资。
四、员工权益保障途径
- 若员工认为企业在生病请假期间扣工资的行为不合理，应首先与企业进行协商沟通。
- 若协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以通过法律途径解决纠纷。
总结与建议：生病请假是员工的合法权益，企业应依法支付病假工资或疾病救济费。若遇到企业不合理扣发工资的情况，员工应积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。