关于您提到的“和公司签了工作不满一年保底公司扣回这样的协议是否有效”的问题，这主要取决于协议的具体内容以及是否违反了相关法律法规的强制性规定。以下是我从不同角度为您进行的分析：
协议内容合法性角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立的劳动合同，不得违反法律、行政法规的强制性规定。如果协议中的“工作不满一年保底公司扣回”条款，实际上是对劳动者劳动报酬的非法剥夺或限制，且没有合理的法律依据，那么该条款很可能被认定为无效。
- 具体来说，如果保底工资是劳动者应得的劳动报酬的一部分，且公司没有合理的理由（如劳动者严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等）来扣除这部分工资，那么公司无权通过协议来约定扣除。
协议公平性角度：
- 劳动合同的订立应当遵循公平、公正的原则。如果协议中的条款明显偏向于公司一方，对劳动者不利，且没有合理的解释或依据，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效或可撤销。
- 在这种情况下，劳动者可以主张该条款不公平，要求法院或劳动仲裁机构予以撤销或变更。
实际操作与法律后果角度：
- 即使协议中有这样的条款，如果公司实际执行时违反了法律法规或劳动合同的约定，劳动者仍然有权向公司主张自己的合法权益。
- 如果公司因此扣除了劳动者的保底工资，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益，要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿。
建议：
- 首先，仔细审查您与公司签订的劳动合同及协议，明确其中关于保底工资及扣除条款的具体内容。
- 如果认为协议中的条款不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求修改或删除相关条款。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，每个具体案件的情况都是独特的，上述分析仅供参考。如果您在实际操作中遇到问题或有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。