公司扣员工毕业证是违法的，这种行为侵犯了员工的合法权益。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。毕业证作为员工的重要证件之一，同样受到该条款的保护，公司无权扣押。
二、法律性质分析
- 个人财产权：毕业证是员工通过学习和考试获得的，证明其学历和能力的官方文件，属于员工的个人财产。公司扣押毕业证，实际上是对员工个人财产权的侵犯。
- 隐私权：毕业证上包含员工的个人信息，如姓名、照片等，这些信息受到隐私权的保护。公司扣押毕业证，可能导致员工个人信息泄露，进一步侵犯员工的隐私权。
三、违法后果
- 行政处罚：如果公司的行为被认定为违法，劳动行政部门可能会对公司进行罚款等行政处罚。
- 民事赔偿：员工有权要求公司返还毕业证，并可能因公司行为造成的损失（如无法及时办理其他事务、因毕业证缺失导致的就业机会丧失等）要求赔偿。
- 刑事责任：在极端情况下，如果公司的行为构成犯罪（如伪造、变造国家机关公文、证件罪，但此情况较为罕见，通常需伴随其他严重违法行为），相关责任人员可能需要承担刑事责任。不过，就单纯扣押毕业证而言，一般不涉及刑事责任，但仍是严重的违法行为。
四、员工应对措施
- 与公司协商：首先尝试与公司沟通，明确指出公司扣押毕业证的违法性，要求归还毕业证。
- 向劳动部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉公司的违法行为。投诉方式包括电话投诉（如拨打12333）、网上投诉（登录当地人力资源和社会保障局官方网站提交投诉）或现场投诉（前往劳动监察部门办公地点提交书面材料）。
- 法律途径：必要时，可以通过法律途径维护自己的权益，如提起劳动仲裁或诉讼。在诉讼过程中，需提供充分证据证明公司的违法行为及损害后果。
五、预防与注意事项
- 在求职过程中：求职者应妥善保管好自己的所有证件，避免遗失或损坏。当需要出示毕业证原件时，应谨慎行事，仅在必要时向相关人员展示，并确保个人隐私和信息安全。
- 在签订合同时：应仔细审查合同条款，确保个人隐私和财产权益得到保护。如果合同中有关于扣押证件的条款，应坚决拒绝并寻求法律帮助。
- 在维权过程中：应妥善保留相关证据，如劳动合同、聊天记录、书面通知等，以备后续使用。这些证据在投诉或诉讼过程中将起到关键作用。
综上所述，公司扣员工毕业证是违法的，员工应依法维权。如果你遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。