结论：被两人指认吸烟，公司以此为由开除员工是否违法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、吸烟行为是否违反规定、开除程序是否合法等。以下从多个角度详细分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度内容：
- 公司需有明确的规章制度，规定在特定场所（如生产车间、仓库等易燃易爆区域）禁止吸烟，并明确违反规定的处罚措施，包括开除。
- 若公司规章制度中未明确规定吸烟为严重违纪行为或未规定开除的处罚，则公司以此为由开除员工可能缺乏依据。
规章制度制定程序：
- 规章制度需经民主程序制定，即需经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。
- 若规章制度未经民主程序制定，或未向员工公示、告知，则可能对员工不产生约束力，公司以此为由开除员工可能违法。
二、吸烟行为是否违反规定的角度
吸烟行为事实：
- 需有确凿证据证明员工确实在禁止吸烟的场所吸烟，如监控录像、现场目击者证言等。
- 仅凭两人指认，若无其他证据佐证，可能不足以证明员工存在吸烟行为，公司以此为由开除员工可能缺乏事实依据。
吸烟行为性质：
- 若吸烟行为确实违反了公司规章制度中的禁止性规定，且该规定合法合理，则公司有权依据规定对员工进行处罚。
- 若吸烟行为未违反公司规章制度，或规章制度中的禁止性规定不合理（如禁止在所有场所吸烟，包括员工休息区），则公司以此为由开除员工可能违法。
三、开除程序是否合法的角度
开除程序规定：
- 公司需按照法律法规及规章制度规定的程序对员工进行开除处理，如提前通知员工、听取员工申辩、告知员工申诉途径等。
- 若公司未按照规定程序开除员工，如未提前通知、未听取申辩等，则可能构成违法解除劳动合同。
开除决定送达：
- 公司需将开除决定以书面形式送达员工，并告知员工相关权利及申诉途径。
- 若公司未将开除决定送达员工，或送达方式不合法（如未通过员工确认的联系方式送达），则可能影响开除决定的效力。
四、法律建议
核实公司规章制度：
- 员工应核实公司规章制度中是否明确规定吸烟为严重违纪行为及开除的处罚措施，以及规章制度的制定程序是否合法。
收集证据：
- 若员工认为公司开除决定违法，应收集相关证据证明自己的主张，如监控录像、现场目击者证言、公司规章制度等。
申请劳动仲裁：
- 若员工与公司无法协商解决争议，可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司撤销开除决定或支付违法解除劳动合同的赔偿金。
示例：假设某公司规章制度中明确规定在生产车间禁止吸烟，并规定违反者将予以开除处理。某员工在生产车间吸烟被两人指认，并有监控录像佐证。公司按照规章制度规定的程序对该员工进行开除处理，并送达了开除决定。在此情况下，公司开除员工的行为可能合法。但若公司规章制度中未明确规定吸烟为严重违纪行为或未规定开除的处罚措施，或开除程序不合法（如未提前通知、未听取申辩等），则公司开除员工的行为可能违法。
进一步思考：员工在面对公司开除决定时，应保持冷静，核实公司规章制度及开除程序的合法性，并收集相关证据维护自己的合法权益。如有需要，可以向专业律师咨询或申请劳动仲裁解决争议。