在侦办刑事案卷过程中又发现治安违法行为的，通常可以按照以下方式处理：
数罪并罚或分别处理原则
根据《公安机关办理行政案件程序规定》第162条，若违法行为人同时存在刑事犯罪与治安违法行为，公安机关应优先对刑事犯罪立案侦查。在刑事侦查过程中发现的治安违法行为，若与刑事案件存在关联性（如属于同一行为的不同阶段），通常并入刑事案件处理；若治安违法行为独立于刑事犯罪（如盗窃案件中同时发现嫖娼行为），则需分别立案处理，刑事部分移送检察院审查起诉，治安部分依法作出行政处罚。
证据转化与程序衔接
刑事侦查中收集的证据（如证人证言、物证、视听资料等），若符合治安案件证据要求，可直接作为行政处罚依据，但需注意：
- 证据合法性：需确保证据收集程序符合《刑事诉讼法》及《治安管理处罚法》规定（如讯问笔录需两名侦查人员签字、权利告知等）；
- 证据关联性：治安违法行为需有独立证据支撑，不能仅以刑事案件推定（如不能仅因涉嫌诈骗就认定存在虚构事实扰乱公共秩序的治安违法）。
- 处罚时效与执行问题
- 治安处罚时效：根据《治安管理处罚法》第22条，违法行为在6个月内未被公安机关发现的，不再处罚。若刑事侦查期间发现超过时效的治安违法行为，不得再处罚；
- 执行顺序：若需同时执行刑事处罚与治安处罚（如拘役与行政拘留），根据《行政处罚法》第35条，刑事处罚优先执行，治安处罚待刑事处罚执行完毕后继续执行（如剩余行政拘留天数）。
- 特殊情形处理
- 刑事转治安：若刑事案件经审查不构成犯罪，但符合治安处罚条件，公安机关应撤销刑事立案，转为治安案件处理；
- 一事不再罚：若同一行为同时触犯刑法与治安管理处罚法（如轻微伤害既构成故意伤害罪未遂，又违反《治安管理处罚法》第43条），优先适用刑事处罚，不再给予治安处罚。
实务建议：
- 公安机关需在案卷中明确区分刑事与治安部分，避免证据混用；
- 违法行为人若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼；
- 律师代理时，应重点审查证据合法性、处罚时效及程序衔接问题。
如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询。