在职期间个人申请专利并不违法，但需结合具体情况判断是否符合法律规定及公司制度要求。以下是具体分析：

1. 专利权归属问题
   根据《专利法》第六条，专利权的归属取决于发明创造的性质：

   • 若发明创造属于职务发明（即执行本单位任务或主要利用本单位物质技术条件完成），专利申请权及专利权归单位所有；
     
   • 若发明创造与工作无关（如利用业余时间、个人资源完成），则属于非职务发明，专利申请权及专利权归个人所有。
     关键点：需通过劳动合同、公司规章制度或实际贡献情况，判断发明是否与职务相关。

2. 公司制度限制
   即使专利属于个人，仍需注意：

   • 保密义务：若发明涉及公司商业秘密或技术信息，未经许可公开或申请专利可能违反《反不正当竞争法》或劳动合同中的保密条款；
     
   • 竞业限制：若专利技术与公司业务存在竞争关系，可能触发竞业限制协议，需承担违约责任；
     
   • 内部审批流程：部分公司要求员工申报个人专利申请，未履行程序可能面临纪律处分。
     建议：申请前查阅劳动合同、员工手册或咨询公司法务部门。

3. 利益冲突规避
   即使专利权归个人，若专利实施可能损害公司利益（如抢占市场份额、泄露技术），公司可能通过法律途径主张权利。例如：

   • 主张专利属于职务发明；
     
   • 以侵犯商业秘密为由起诉；
     
   • 要求员工赔偿损失。
     预防措施：申请前评估专利与工作的关联性，必要时与公司协商签订书面协议明确权责。

总结：在职期间个人申请专利本身不违法，但需严格区分职务发明与非职务发明，并遵守公司制度及保密义务。若存在不确定性，建议提前与公司沟通或提供具体细节进一步分析。