克扣年终奖是否违法，主要取决于劳动合同、员工手册或公司规章制度中的具体约定，以及公司的实际执行行为是否符合这些约定和法律法规。以下是对此问题的详细分析：
一、违法的情况
无正当理由随意扣发：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及国务院《关于工资总额组成的规定》第四条，年终奖作为工资总额的一部分，用人单位不得无故克扣或拖欠。若劳动合同或用人单位的规章制度已明确约定了年终奖的具体金额、发放方式等，且员工已满足获得年终奖的条件，此时用人单位无正当理由扣发部分年终奖，即构成违法行为。
- 示例：若劳动合同中明确规定“员工当年绩效考核合格，可获得相当于一个月工资的年终奖”，而员工绩效考核结果为合格，但公司却无故扣发部分年终奖，这种行为明显违反了合同约定，损害了员工的合法权益。
以不合理条件克扣：
- 若用人单位为了扣发年终奖，临时设置不合理的条件，如要求员工在年终奖发放前必须加班达到一定时长（且无紧急业务需求），或在没有充分证据的情况下以员工所谓的“工作失误”为由扣发年终奖，这些行为同样属于违法行为。
- 示例：公司在年终考核时突然提高原本合理的销售业绩标准，导致大部分员工无法达标，进而以此为由扣发年终奖，这种恶意克扣的行为是违法的。
恶意变更考核标准：
- 用人单位不得随意变更奖金考核标准来克扣奖金。考核标准应事先明确告知劳动者，并具有合理性和稳定性。临时改变考核标准以规避奖金发放责任的行为，损害了劳动者的合法权益，同样违反法律规定。
- 示例：如公司原本规定的销售奖金考核标准在年底前突然提高，这种临时变更标准的做法是不合法的。
二、不违法的情况
依规章制度合法扣发：
- 若用人单位的规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会讨论通过）并已向员工公示，其中明确规定了年终奖的发放条件和扣减情形，当员工确实出现符合扣减规定的情况时，用人单位可以依据规章制度扣发部分年终奖，且不构成违法行为。
- 示例：规章制度规定“若员工当年累计旷工达到5天以上，将扣减一定比例的年终奖”，某员工当年旷工6天，公司依此规定扣发部分年终奖，这种扣发行为是合法的。
绩效考核不达标扣发：
- 若劳动合同或规章制度规定年终奖与绩效考核挂钩，并有明确、合理的绩效考核标准和流程，员工经考核确实未达到相应标准，用人单位可以据此扣发部分年终奖，且通常被认为是合法的。
- 示例：公司规定根据员工年度绩效考核结果发放年终奖，并设定了不同等级的考核标准和对应的年终奖发放系数。若某员工考核结果为不合格，公司按照规定扣发部分年终奖，这种做法具有合理性和合法性。
未明确约定的情形：
- 如果劳动合同、员工手册及公司规章制度中均未对年终奖作出任何明确约定或规定，那么年终奖的发放通常由公司根据自身经营状况、员工表现等因素自主决定。在这种情况下，公司扣减或不发放年终奖一般不构成违法。
- 示例：若公司以往年份会发放年终奖，但并未形成书面的规定或约定，某一年因经营业绩不佳决定不发放或扣减年终奖，这种做法在法律上通常不被认定为违法。
三、应对措施与建议
- 员工：在遇到年终奖被扣的情况时，应首先查看劳动合同和公司相关规定，了解自己的权益和公司的义务。若认为公司存在违法行为，可以先与公司进行沟通协商，尝试解决问题。若沟通无果，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 用人单位：在制定年终奖发放政策时，应确保政策的合法性和合理性，并严格按照政策执行。同时，应避免随意变更考核标准或无故克扣年终奖，以免触犯法律。
综上所述，克扣年终奖是否违法需根据具体情况判断。员工应充分了解自己的权益和公司的规定，并在必要时采取合适的措施来维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。