当员工自动离职后申请劳动仲裁，这是一个涉及双方权益且需要谨慎处理的问题。以下是从用人单位和员工两个角度出发，提供的详细处理建议：
用人单位应对策略
确保程序合规：
- 即便员工已经自动离职，用人单位仍需遵循法律法规和公司规章制度，为其办理工作交接手续，并要求归还公司财物、文件资料等，同时做好详细记录。
- 通过书面形式（如邮件、快递等）通知员工前来办理离职手续，明确告知其应履行的义务和期限，并保留好送达凭证，以避免后续纠纷。
审查仲裁请求与证据：
- 仔细研读员工的仲裁请求，重新审视自身掌握的证据，特别是员工自动离职这一事实对案件可能产生的影响。
- 尽力收集其他相关证据，如考勤记录、同事证言、工作交接单等，以支持自身主张，并确保证据的真实性、合法性和关联性。
考虑和解或调解：
- 员工自动离职可能意味着其希望尽快解决纠纷，用人单位可以主动与员工沟通，探讨和解或调解的可能性。
- 如果达成和解或调解协议，应明确双方的权利义务，签订书面协议，并确保双方按约履行。
积极参与仲裁审理：
- 无论员工是否在职，用人单位都应积极参加仲裁审理，如实陈述案件事实，提供相关证据。
- 利用员工可能缺席仲裁审理的机会，清晰、准确地表达自己的观点和诉求。
执行裁决或进一步维权：
- 如果仲裁裁决支持员工的部分或全部请求，且用人单位无异议，应在规定时间内履行裁决义务。
- 如果对仲裁裁决不服，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，但在决定是否提起诉讼前，应仔细评估诉讼的成本、风险及可能带来的法律后果。
员工应对策略
了解自动离职的法律后果：
- 自动离职可能违反劳动合同或公司规章制度，用人单位可能因此主张违约并要求承担责任。但这并不妨碍员工继续参与劳动仲裁程序以维护自己的合法权益。
关注仲裁进展：
- 尽管已经离职，员工仍应关注仲裁进展情况，通过仲裁机构官方渠道查询审理进度，及时了解通知和要求。
准备相关证据：
- 继续收集和整理与劳动争议有关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作交接单等。
- 如果发现新证据，应及时提交给仲裁庭，以支持自己的主张。
遵守仲裁程序：
- 按照仲裁庭的要求参加庭审，遵守程序和纪律。如果无法亲自参加，应提前说明情况并申请延期或委托代理人。
- 在庭审中如实陈述事实，理性表达诉求，避免情绪化或攻击性的言论。
考虑和解可能性：
- 主动与用人单位沟通，寻求和解机会。如果双方能够达成和解协议，应明确具体并具有可操作性，确保用人单位按约履行。
保护合法权益：
- 员工应充分利用劳动仲裁程序维护自己的合法权益，即使已经离职也可以提出主张并要求补偿或赔偿。
- 如果对仲裁裁决不服，同样可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。
综合建议
劳动仲裁期间员工自动离职是一个复杂且敏感的问题，需要双方保持冷静和理性，积极参与仲裁程序，充分阐述各自主张并提供证据支持。用人单位应确保程序合规，员工应了解离职的法律后果并保护自己的合法权益。通过妥善处理，双方有望达成和解或调解，避免不必要的纠纷和损失。如果无法达成和解或调解，则应尊重仲裁裁决或依法提起诉讼以维护自身权益。