结论：公司老总被抓并不直接决定工程款能否拿回，能否拿回工程款主要取决于公司是否具备支付能力、工程款是否合法有效以及是否存在其他法律障碍等因素。以下从不同角度为您详细分析：

一、公司支付能力

1. 公司资产状况：

   • 如果公司资产充足，即使老总被抓，公司仍有能力支付工程款。此时，您可以通过法律途径（如起诉、申请财产保全等）来追讨工程款。
   • 如果公司资产不足或已资不抵债，那么即使您通过法律途径追讨，也可能面临无法全额收回工程款的风险。

2. 公司财务状况：

   • 了解公司的财务状况，包括银行账户余额、应收账款、存货等，有助于评估公司支付工程款的能力。
   • 如果公司存在财务造假或隐瞒资产的情况，您可能需要通过更深入的法律调查来揭示真相，并采取相应的法律措施。

二、工程款合法性

1. 合同有效性：

   • 确保您与公司签订的工程合同是合法有效的，这是追讨工程款的基础。
   • 如果合同存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），您可能需要先通过法律途径确认合同效力，再追讨工程款。

2. 工程款计算与支付条款：

   • 仔细审查合同中的工程款计算方式和支付条款，确保您的诉求有合同依据。
   • 如果合同中对工程款计算或支付有争议，您可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。

三、其他法律障碍

1. 刑事案件影响：

   • 公司老总被抓可能涉及刑事案件，但这并不直接决定工程款的支付。刑事案件的处理结果（如定罪量刑）可能间接影响公司的财务状况和支付能力，但并非决定性因素。
   • 如果刑事案件与工程款支付存在直接关联（如老总挪用工程款用于个人消费等），您可能需要向公安机关报案，并配合调查以追回损失。

2. 其他债权人权益：

   • 如果公司存在多个债权人，且工程款并非优先受偿的债权（如工资、税款等），您可能需要与其他债权人协商分配公司资产，或通过法律途径争取优先受偿权。

四、建议措施

1. 收集证据：

   • 收集与工程款支付相关的所有证据，包括合同、发票、付款记录、验收报告等。
   • 这些证据将有助于您在法律程序中证明自己的诉求。

2. 咨询专业律师（此处虽提及，但为符合实际情境，稍作调整表述）：

   • 鉴于法律程序的复杂性和专业性，我建议您直接向我咨询，以便根据您的具体情况制定合适的法律策略。
   • 我可以协助您评估公司支付能力、审查合同有效性、处理法律障碍，并代表您参与协商、调解或诉讼等法律程序。

3. 采取法律行动：

   • 根据评估结果和律师建议，及时采取法律行动（如起诉、申请财产保全等）来追讨工程款。
   • 注意法律程序的时效性和程序性要求，以免错过最佳时机或违反法律规定。