结论：被告在法庭上提交的没有公章且显示运费金额与实际不符的发票，可能涉及违法或违规行为，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、发票的合法性要求
根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。若发票未加盖公章（此处应理解为发票专用章，因为通常发票上加盖的是发票专用章而非公章），则该发票在形式上不符合发票管理办法的要求，可能被视为无效发票。
二、发票金额与实际不符的问题
虚开发票的认定：
- 如果发票上显示的运费金额（6500元）与实际支付的运费金额（3100元）不符，且这种不符并非由于合理的计算错误或调整导致，那么该发票可能被视为虚开发票。
- 虚开发票是指为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，包括虚开金额、数量等。在此情况下，如果发票金额明显高于实际支付金额，且没有合理的解释或证据支持这种差异，那么可能构成虚开发票的行为。
法律后果：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，违反规定虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 如果虚开发票的行为被认定为犯罪，如虚开增值税专用发票罪等，那么将面临更为严重的刑事处罚。
三、实际案例中的考量因素
证据的充分性：
- 在法庭上，被告需要提供充分的证据来证明发票金额与实际不符的原因。如果被告能够提供合理的解释和证据（如合同、付款记录等）来支持这种差异，那么可能减轻或免除其法律责任。
交易的真实性：
- 法院在审理此类案件时，会关注交易的真实性。如果交易本身是真实的，只是发票金额开具错误或存在其他合理原因导致不符，那么法院可能不会认定被告存在违法行为。
主观故意：
- 虚开发票的行为通常要求行为人具有主观故意。如果被告能够证明其没有虚开发票的故意（如由于疏忽或错误导致发票金额不符），那么可能减轻或免除其法律责任。
四、建议
对于被告：
- 如果被告确实存在发票金额与实际不符的情况，建议尽快与开票方联系，更正发票金额并重新开具符合规定的发票。
- 同时，被告应收集并保留所有与交易相关的证据（如合同、付款记录、沟通记录等），以备在法庭上证明交易的真实性和发票金额不符的原因。
对于原告或其他相关方：
- 如果发现被告提交的发票存在违法或违规行为，可以向税务机关举报或向法院提出异议。
- 在提出异议时，应提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循法院的审理程序和要求。
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