软件企业与员工签署项目合同，在符合法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性基础
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权按照自己的意愿依法设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，软件企业和员工在平等自愿的基础上，可以就特定项目的工作内容、期限、报酬等事项签订项目合同。
劳动合同与项目合同的区分：劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。而项目合同则更侧重于特定项目的工作安排和成果交付。如果软件企业与员工签订的项目合同，实际上是对员工在特定项目期间的工作内容、工作时间、劳动报酬等进行了明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种合同是合法的。
需要注意的合法性要点
合同内容合法：项目合同的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益和第三人的合法权益。例如，合同中不得约定员工在项目期间放弃所有法定节假日和休息日，或者约定不合理的违约金等。
劳动关系与劳务关系的区分：如果软件企业与员工签订的是项目合同，但实质上双方构成的是劳动关系（如员工接受企业的管理、指挥和监督，从事企业安排的工作等），那么企业应当与员工签订劳动合同，并依法缴纳社会保险费等。否则，企业可能面临劳动争议和行政处罚的风险。
项目合同的期限与终止：项目合同的期限应当明确，并在合同到期或项目完成后及时终止。如果合同期限不明确或合同到期后未及时终止，可能导致双方权利义务关系的不明确，进而引发争议。
实际操作建议
明确合同性质：在签订项目合同前，软件企业和员工应当明确合同的性质，是劳务合同还是劳动合同。如果构成劳动关系，应当签订劳动合同；如果仅是针对特定项目的劳务合作，可以签订项目合同。
完善合同条款：项目合同应当详细约定工作内容、期限、报酬、保密义务、违约责任等条款，以确保双方的权利义务关系明确清晰。
遵守法律法规：在签订和履行项目合同过程中，软件企业和员工应当遵守相关法律法规的规定，不得损害社会公共利益和第三人的合法权益。
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