挂靠人可以直接以被挂靠单位为被告，向法院提起民事诉讼，要求被挂靠单位返还截留的工程款。以下是详细分析：

一、法律关系分析

1. 挂靠关系的本质：挂靠关系通常指没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义进行工程建设的行为。在这种关系中，挂靠人（实际施工人）与被挂靠单位（名义上的承包人）之间形成了一种内部关系，而对外则以被挂靠单位的名义进行活动。
2. 工程款支付义务：业主已经全部支付工程款，意味着被挂靠单位已经收到了应得的工程款项。根据挂靠关系的约定或行业惯例，被挂靠单位应当将这部分款项转付给挂靠人。

二、起诉依据

1. 合同关系：如果挂靠人与被挂靠单位之间签订了书面合同，且合同中明确约定了工程款的支付方式和时间，那么被挂靠单位截留工程款的行为就构成了违约。挂靠人可以依据合同条款，要求被挂靠单位承担违约责任，包括返还截留的工程款。
2. 不当得利：即使挂靠人与被挂靠单位之间没有签订书面合同，或者合同中没有明确约定工程款的支付方式和时间，被挂靠单位截留工程款的行为也可能构成不当得利。根据《民法典》的相关规定，因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。

三、起诉步骤

1. 收集证据：挂靠人需要收集能够证明被挂靠单位截留工程款的证据，如工程款支付凭证、挂靠合同、沟通记录等。这些证据将有助于证明挂靠人的主张，并增加胜诉的可能性。
2. 撰写起诉状：挂靠人需要撰写一份起诉状，明确列出原告（挂靠人）、被告（被挂靠单位）、诉讼请求（如返还截留的工程款及利息）、事实和理由等。起诉状应当清晰、准确地阐述挂靠人的诉求和依据。
3. 提交法院：挂靠人需要将起诉状及相关证据提交给有管辖权的人民法院。法院在受理案件后，将依法进行审理，并作出判决。

四、注意事项

1. 诉讼时效：挂靠人需要注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，挂靠人应当在知道或应当知道权利被侵害之日起三年内提起诉讼。
2. 法律程序：挂靠人在起诉过程中需要遵守法律程序，如按时出庭、提交证据等。如果挂靠人缺乏法律知识或经验，可以寻求专业律师的帮助，以确保诉讼的顺利进行。

在处理此类案件时，建议挂靠人保持冷静、理性，通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。