关于农村干部补发上届绩效工资是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
若绩效工资属于合法劳动报酬且未发放原因正当：
- 如果农村干部的绩效工资是其合法劳动报酬的一部分，且之前未发放是由于合理的、非人为故意的原因（如财务流程问题、资金暂时短缺等），那么在问题解决后进行补发是合法的。这种情况下，补发绩效工资是对干部应得劳动报酬的合理补偿，符合劳动法的相关规定。
若绩效工资发放缺乏合法依据或存在违规操作：
- 如果绩效工资的发放本身缺乏合法的依据，比如没有明确的规章制度支持，或者发放标准、程序存在违规操作（如未经民主程序制定、未公示等），那么补发这样的绩效工资就可能不合法。此外，如果上届干部在任期间存在违法违纪行为，导致绩效工资的发放条件不成立，那么补发也可能涉及违法问题。
考虑补发程序是否合法：
- 即使绩效工资本身合法且应补发，但如果补发程序不合法（如未经必要的审批程序、未按照规定的流程进行等），也可能导致补发行为不合法。因此，在补发绩效工资时，必须确保补发程序符合相关法律法规和规章制度的要求。
法律建议：
- 对于农村干部而言，如果认为自己的绩效工资应补发，首先应当了解相关的规章制度和法律法规，确认自己的绩效工资是否合法且应补发。
- 如果确认应补发，但补发过程中遇到问题或阻力，可以寻求上级部门或相关法律机构的帮助和支持，确保自己的合法权益得到维护。
- 对于农村集体经济组织或相关管理部门而言，在补发绩效工资时，应当严格遵守相关法律法规和规章制度的要求，确保补发行为的合法性和合规性。
可能后果：
- 如果补发行为合法且合规，那么将有助于维护农村干部的合法权益，提高他们的工作积极性和稳定性。
- 如果补发行为不合法或存在违规操作，那么可能引发法律纠纷和争议，对农村集体经济组织或相关管理部门的声誉和形象造成负面影响。
总结来说，农村干部补发上届绩效工资是否合法，取决于绩效工资本身的合法性、补发原因的正当性以及补发程序的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。