公司拿员工工资做绩效是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果公司事先与员工有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定：
- 在这种情况下，公司拿员工工资的一部分作为绩效工资是合法的。绩效工资制度是一种常见的薪酬管理方式，旨在激励员工更好地完成工作任务，提高工作效率。只要公司事先与员工进行了充分的沟通，并达成了明确的约定，且该约定没有违反《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，那么这种做法就是合法的。
如果公司事先未与员工明确约定，或者约定违反法律法规的强制性规定：
- 在这种情况下，公司擅自拿员工工资做绩效就可能是违法的。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同，并明确约定劳动报酬等事项。如果公司未经员工同意，擅自改变工资结构，将部分工资作为绩效工资，就可能侵犯了员工的合法权益。此外，如果绩效工资的设定、考核标准等存在不公平、不合理的情况，也可能引发劳动争议。
法律建议：
对于员工而言：
- 在入职时，应仔细阅读劳动合同，了解工资结构、绩效工资等相关条款。
- 如果公司提出改变工资结构，将部分工资作为绩效工资，应与公司进行充分沟通，确保自己的权益不受侵害。
- 如果发现公司擅自改变工资结构或绩效工资设定不合理，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于公司而言：
- 在制定薪酬制度时，应遵循法律法规的强制性规定，确保薪酬制度的合法性和合理性。
- 在实施绩效工资制度前，应与员工进行充分沟通，明确绩效工资的设定、考核标准等事项，并达成书面约定。
- 定期对绩效工资制度进行评估和调整，确保其公平性和有效性。
可能引发的法律后果：
- 如果公司擅自拿员工工资做绩效且违反法律法规的强制性规定，可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 员工也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求公司支付拖欠的工资、经济补偿等。
总之，公司拿员工工资做绩效是否违法，取决于是否事先与员工有明确约定且该约定是否合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。