结论：经理未经法人同意和甲方签订调解协议是否违法，需分情况讨论，不能一概而论。
若经理有公司明确授权：
- 在这种情况下，经理作为公司的代理人，其签订调解协议的行为是代表公司进行的，具有法律效力。即使法人（即公司法定代表人）事先未明确同意，但只要经理的代理行为在公司授权范围内，且符合公司利益，该调解协议对公司具有约束力。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。
若经理无公司明确授权：
- 如果经理未经公司明确授权，擅自与甲方签订调解协议，这可能构成无权代理。在此情况下，该调解协议对公司是否具有约束力，取决于公司是否追认该行为。
- 若公司追认：则调解协议对公司具有约束力，视为公司行为。
- 若公司不追认：则调解协议对公司不具有约束力，经理可能需承担个人责任，如赔偿甲方因此遭受的损失等。
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。
特殊情况考虑：
- 如果经理的行为构成表见代理（即甲方有理由相信经理有代理权，如经理长期代表公司处理类似事务，且公司未提出异议），则即使经理实际上无代理权，该调解协议也可能对公司具有约束力。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于表见代理的规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
建议：
- 对于公司而言，应建立健全的授权管理制度，明确各级管理人员的代理权限，避免类似纠纷的发生。
- 对于经理而言，在签订任何协议前，应确保自己具有相应的代理权限，或及时获得公司的明确授权。
- 若发生此类纠纷，建议双方首先通过协商解决；协商不成的，可寻求法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。