结论：员工在公司工作满5个月后旷工三天，具体如何处理及后果需结合公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规综合判断，以下分情况说明：

1. 公司规章制度有明确规定
   若公司《员工手册》或规章制度中明确规定了旷工的处罚标准（例如“旷工三天属于严重违反规章制度，公司有权解除劳动合同”），且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等）并告知员工，则公司可依据制度解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
   法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。

2. 公司规章制度无明确规定或程序瑕疵
   若公司未制定相关制度，或制度未经过民主程序、未公示，则直接以“旷工三天”为由解除劳动合同可能构成违法解除。此时员工有权要求公司支付赔偿金（标准为2倍经济补偿，即1个月工资，因工作满5个月不足6个月按0.5个月计算，2倍即为1个月工资）。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四十八条，用人单位违法解除劳动合同的，劳动者可要求继续履行合同或支付赔偿金。

3. 劳动合同有特别约定
   若劳动合同中单独约定了旷工的处罚条款（如“旷工三天视为自动离职”），需审查该条款是否显失公平或违反法律强制性规定。若条款合法有效，公司可按约定处理；若条款违法（如约定“旷工一天即解除合同且无补偿”），则可能被认定无效。

4. 地方性法规的补充规定
   部分地区（如上海、江苏）的司法实践中，对“严重违反规章制度”的认定有更细致的标准（如连续旷工天数、累计旷工天数等）。若公司所在地有此类规定，需优先适用地方标准。

建议行动：

• 对员工而言：若公司已发出解除通知，可要求公司出具书面理由并审查制度合法性；若公司未处理，建议尽快返岗或协商离职，避免扩大损失。
  
• 对公司而言：若拟解除合同，需确保制度合法、程序完备，并保留员工旷工的证据（如考勤记录、通知返岗记录等）；若希望员工继续工作，可发送《限期返岗通知书》并明确后果。
  

如有进一步细节（如公司制度内容、解除通知内容等），可向我补充说明，我会为您分析具体风险点。