结论：公司购车总公司收钱、4S店开发票这一操作是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合税法及财务制度规定，且不存在虚开发票、偷逃税款等违法行为。

1. 若资金流与发票流、业务流一致，则合法
   根据《发票管理办法》及税法规定，发票的开具应与实际经营业务相符。若总公司作为购车合同的实际签订方、付款方（即使资金由总公司账户支付），且4S店将车辆交付给总公司或其指定的下属公司，则4S店向总公司开具发票是合法的。此时需满足：

   • 总公司与4S店签订购车合同，明确购车方为总公司；
     
   • 总公司通过自身账户或授权账户支付购车款；
     
   • 车辆登记在总公司名下，或由总公司书面指定下属公司接收（需留存书面证据）。
     这种操作常见于集团化企业集中采购、统一管理的场景，符合财务规范。

2. 若资金流与发票流、业务流不一致，则可能违法
   若实际购车方为下属公司（如分公司或子公司），但资金由总公司代付、4S店却直接向总公司开发票，则可能涉及“三流不一致”（资金流、发票流、业务流分离），存在税务风险：

   • 虚开发票风险：若下属公司实际使用车辆，但发票开给总公司，可能被认定为“为他人虚开发票”（若总公司无实际购车需求），违反《发票管理办法》第二十二条；
     
   • 税款抵扣风险：若总公司将发票用于抵扣税款，但车辆实际由下属公司使用，可能因“进项税额与实际经营无关”被税务机关要求转出，甚至面临罚款；
     
   • 企业所得税风险：总公司若将车辆计入自身资产，但实际由下属公司使用，可能导致资产折旧、费用分摊不实，影响企业所得税计算。
     

建议操作：

• 若为集团内部集中采购，建议通过书面协议明确总公司为代购方，车辆所有权归下属公司，4S店直接向下属公司开发票，总公司凭代购协议、付款凭证等证明资金代付关系；
  
• 若必须由总公司收票，需确保车辆登记在总公司名下，并通过内部调拨单、租赁协议等方式规范下属公司使用行为，避免税务风险。
  

如有具体操作细节需进一步分析，可直接向我咨询。