交通运输工程项目经理更换未备案，主要会面临行政处罚，具体处罚条款及分析如下：
一、行政处罚的法律依据
在交通运输工程建设领域，项目经理的更换及备案通常受到相关法律法规的严格监管。虽然具体的处罚条款可能因地区和具体法规的不同而有所差异，但一般来说，未按照规定进行备案的行为会违反《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例，以及地方性的交通运输工程建设管理条例等。
二、可能的处罚条款
罚款：
- 根据相关法律法规，对于未按规定进行项目经理更换备案的行为，主管部门有权对责任单位或个人处以罚款。罚款的数额可能因违规情节的严重程度、违规次数等因素而有所不同，具体数额需参照当地的相关法规确定。
责令改正：
- 主管部门在发现违规行为后，通常会责令责任单位或个人立即改正，即按照规定完成项目经理的更换备案手续。
影响企业信用评价：
- 在一些地区，未按规定进行备案的行为还可能影响企业的信用评价，进而影响企业在后续招投标活动中的竞争力。
其他行政处罚：
- 根据违规情节的严重程度，主管部门还可能采取其他行政处罚措施，如警告、通报批评等。
三、实际案例与法律分析
- 案例一：某交通运输工程项目在施工过程中，项目经理发生变更但未及时向主管部门备案。主管部门在检查中发现后，依据相关法律法规对该项目施工单位处以罚款，并责令其立即完成备案手续。
- 法律分析：在此案例中，施工单位的行为违反了相关法律法规关于项目经理更换备案的规定，因此受到了行政处罚。这体现了主管部门对交通运输工程建设领域监管的严格性。
四、建议与措施
加强内部管理：
- 施工单位应建立健全内部管理制度，确保项目经理的更换及时、合规地进行备案。
提高法律意识：
- 施工单位应加强对相关法律法规的学习和理解，提高法律意识，避免因违规行为而受到行政处罚。
积极配合主管部门工作：
- 在主管部门进行检查或调查时，施工单位应积极配合，如实提供相关信息和资料，以便主管部门及时了解情况并作出处理。
若您在交通运输工程建设领域遇到项目经理更换未备案或其他相关法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。