试用期三个月的工资计算，既可能是按自然月计算，也可能是按90天计算，具体取决于劳动合同中的约定以及企业的实际操作方式。以下从不同角度为你详细分析：

1. 按自然月计算：

   • 如果劳动合同中明确约定试用期为“三个月”，且未特别指明是90天，那么通常理解为按照自然月计算。例如，如果员工从1月1日入职，试用期三个月则到3月31日结束。
   • 在这种情况下，工资计算会按照每个月的实际工作天数（通常是整月）来支付，除非有特殊情况（如请假、旷工等）需要扣除相应天数。

2. 按90天计算：

   • 如果劳动合同中明确约定试用期为“90天”，或者虽然约定为“三个月”但企业实际操作中按照90天来计算（例如，为了精确控制试用期成本或避免跨月计算带来的复杂性），那么工资就会按照90天的实际工作天数来支付。
   • 在这种情况下，需要确保工资计算涵盖了所有实际工作天数，包括周末和可能的法定节假日（如果员工在这些天也工作的话，或者按照法律规定需要支付加班费的话）。不过，通常情况下，试用期员工在周末和法定节假日是不工作的，除非有特殊情况。

额外建议：

• 为了避免争议和误解，建议在劳动合同中明确约定试用期的具体计算方式（是按自然月还是按90天），以及工资的计算方法和支付时间。
• 如果对试用期的工资计算有疑问或不确定，可以向企业的人力资源部门咨询，或者要求企业提供详细的工资计算说明。
• 如果发现企业在试用期工资计算上存在违法行为（如低于最低工资标准、未按时支付工资等），可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动法的问题，欢迎直接向我咨询。