核心结论：在此类三方协议纠纷中，协议是否成立需结合《民法典》关于合同成立要件及意思表示规则综合判断。具体处理需分情况讨论，未签名方的后续追认行为可能使协议成立并生效。以下是详细分析：

1. 协议成立的形式要件与实质要件

根据《民法典》第490条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或按指印时合同成立。但若一方已履行主要义务且对方接受，即使未签名，合同仍可成立（第490条第2款）。
关键点：

• 三方协议需所有当事人达成合意（即三方均同意协议内容）；
  
• 签名是外在表现形式，但未签名方的追认行为（如书面同意、实际履行）可补正形式瑕疵。

2. 未签名方同意签名的法律效果

若未签名方在诉讼中明确表示同意签署协议（如提交书面追认声明、实际履行协议义务），可视为对协议的事后追认。根据《民法典》第140条，行为人可以明示或默示方式作出意思表示：

• 明示追认：如未签名方出具书面文件确认协议内容；
  
• 默示追认：如未签名方按协议约定履行付款、交付等义务。
  结果：追认后，协议视为自成立时生效，签名方的主张（协议不成立）可能被驳回。

3. 签名方起诉主张协议不成立的抗辩路径

若签名方以“未三方签名”为由主张协议不成立，未签名方可从以下角度反驳：

• 协议已实际履行：若未签名方已部分或全部履行协议义务（如支付款项、提供服务），可依据《民法典》第490条第2款主张合同成立；
  
• 未签名方存在代理行为：若未签名方曾授权他人代签（如法定代表人、委托代理人），需提供授权文件证明代理效力；
  
• 表见代理的适用：若签名方有理由相信未签名方的代理人有代理权（如长期合作惯例），可能构成表见代理，协议对未签名方仍有效。

4. 司法实践中的裁判倾向

法院在审理此类案件时，会重点审查：

• 未签名方的真实意思表示：通过聊天记录、邮件、履行行为等综合判断其是否同意协议内容；
  
• 协议履行情况：若协议已实际履行，法院可能倾向于认定合同成立以维护交易稳定；
  
• 公平原则：若未签名方未追认且无履行行为，法院可能支持签名方主张，但会考量未签名方是否因协议受益或存在过错。

5. 实务建议

• 对未签名方：若同意协议内容，应尽快补签或出具书面追认文件；若不同意，需明确拒绝并留存证据（如书面回复、录音）；
  
• 对签名方：若希望协议成立，可催告未签名方限期签署；若未签名方拒绝，需评估协议是否已实际履行或是否存在其他成立依据；
  
• 预防风险：三方协议签署前，建议通过邮件、会议纪要等形式确认各方意向，避免因形式瑕疵引发纠纷。

总结：三方协议仅两方签名时，协议是否成立取决于未签名方是否追认或协议是否已实际履行。若未签名方同意签署，可通过补签或追认使协议生效；若拒绝，则需结合履行情况判断合同状态。具体案件需结合证据综合分析，如有疑问可进一步提供细节，我会为您详细解答。