公司仅保留一份劳务合同的主要目的可能包括规避法律风险、便于管理控制，但这种做法本身存在违法性及潜在风险。以下从不同角度展开分析：

1. 规避法律风险（错误认知）
   部分公司可能误以为仅保留一份合同可避免员工掌握对自己不利的条款（如违约金、竞业限制等），或试图通过单方控制合同文本掩盖违法内容（如未缴纳社保、超时加班等）。但根据《劳动合同法》第16条，劳务合同（或劳动合同）必须由双方各执一份，公司单方留存的行为本身即违法，无法通过此方式规避法律责任。

2. 管理便利性（表面原因）
   公司可能以“简化流程”“减少纸张浪费”等理由解释单方留存合同的行为，但实质上反映出其管理不规范。正规企业应建立合同归档制度，既保障员工权益，也避免因合同丢失引发的纠纷（如工伤认定、薪资争议等）。

3. 潜在风险与法律后果

   • 对员工的风险：员工无法证明劳动关系存在（如未签书面合同或未持有合同副本时），可能面临举证困难；若公司篡改合同内容，员工缺乏对比依据。
     
   • 对公司的风险：根据《劳动合同法》第81条，公司未交付合同副本的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，需承担赔偿责任。此外，单方留存合同可能被认定为未签订书面合同，公司需支付双倍工资（参考《劳动合同法》第82条）。

4. 员工应对建议

   • 要求补签/交付合同：员工可向公司提出书面申请，要求补签合同或交付副本，并保留申请记录（如邮件、聊天记录）。
     
   • 收集其他证据：若公司拒绝，员工应收集工资条、考勤记录、工作证等证据，证明劳动关系存在。
     
   • 投诉或仲裁：向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张公司交付合同副本及赔偿损失。

总结：公司仅保留一份劳务合同的行为违法，可能出于管理疏忽或刻意规避责任，但无论动机如何，均需承担法律后果。员工应主动维护自身权益，必要时通过法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。