结论：公司不肯将年终奖写进合同，并不直接构成违反公司制度的行为，但可能涉及员工权益保护及劳动合同法的相关规定。
分析：
年终奖的性质与合同约定：
- 年终奖通常被视为公司对员工一年工作表现的奖励，其发放与否及发放标准往往由公司内部规章制度或劳动合同约定。
- 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件、标准等，则公司应按照约定执行。若未明确规定，则公司有一定的自主权决定是否发放及发放多少。
公司制度与劳动合同的关系：
- 公司制度是公司内部管理的规范，而劳动合同是员工与公司之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 公司制度若与劳动合同内容相冲突，一般应以劳动合同为准，因为劳动合同具有更强的法律约束力。但若公司制度经过民主程序制定且不违反法律法规的强制性规定，也可能对员工产生约束力。
公司不肯将年终奖写进合同是否违法：
- 单纯从“不肯将年终奖写进合同”这一行为来看，并不直接构成违法。因为年终奖并非劳动合同的必备条款，公司有权选择是否将其纳入合同。
- 但若公司此前有发放年终奖的惯例，且员工对此产生了合理预期，公司突然取消或变更年终奖政策可能引发劳动争议。此时，员工可以依据公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来维护自己的权益。
员工权益保护建议：
- 了解公司制度：员工应仔细阅读公司规章制度，了解年终奖的发放条件、标准等。
- 协商沟通：若员工希望将年终奖写入合同，可以与公司进行协商沟通，争取达成一致意见。
- 保留证据：若公司存在未按照约定发放年终奖的情况，员工应保留相关证据（如工资条、奖金发放记录、公司规章制度等），以便在发生争议时维护自己的权益。
- 寻求法律援助：若员工与公司就年终奖问题无法达成一致意见，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
后续行动建议：
- 若您希望将年终奖明确写入合同，建议与公司进行友好协商，并尝试达成书面协议。
- 若公司拒绝协商或协商无果，您可以考虑咨询专业律师（即向我咨询），了解您的具体权益及可能的维权途径。
- 在任何情况下，都请保留好与年终奖相关的所有证据，以备不时之需。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。