结论前置：申请国家赔偿确实需要确定部门责任，即需要明确赔偿义务机关，这是申请国家赔偿的首要步骤。
一、确定赔偿义务机关的重要性
在申请国家赔偿的过程中，确定赔偿义务机关是至关重要的。因为只有明确了赔偿义务机关，赔偿请求人才能向其提出赔偿申请，并按照规定的程序进行后续操作。如果赔偿义务机关不明确，赔偿请求人将无法有效行使自己的权利，也无法获得应有的赔偿。
二、赔偿义务机关的确定方式
赔偿义务机关的确定主要依据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，具体分为行政赔偿和刑事赔偿两大类：
行政赔偿：
- 一般情况：行政机关及其工作人员在行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。例如，如果某市公安局在执法过程中违法拘留了某人，那么该市公安局就是赔偿义务机关。
- 特殊情况：包括两个以上行政机关共同行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关；法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关；受行政机关委托的组织或者个人在行使受委托的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，委托的行政机关为赔偿义务机关；赔偿义务机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关为赔偿义务机关；没有继续行使其职权的行政机关的，撤销该赔偿义务机关的行政机关为赔偿义务机关；经复议机关复议的，最初造成侵权行为的行政机关为赔偿义务机关，但复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。
刑事赔偿：
- 拘留措施：对公民采取拘留措施，依照《国家赔偿法》的规定应当给予国家赔偿的，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关。通常是公安机关、国家安全机关等有权作出拘留决定的机关。
- 逮捕后无罪处理：对公民采取逮捕措施后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。在我国，一般是人民检察院作出逮捕决定，所以通常检察院是此类情况的赔偿义务机关。
- 再审改判无罪：再审改判无罪的情况下，作出原生效判决的人民法院为赔偿义务机关；二审改判无罪或二审发回重审后作无罪处理的，作出一审有罪判决的人民法院为赔偿义务机关。
三、申请国家赔偿的流程
在确定了赔偿义务机关后，赔偿请求人需要按照以下流程申请国家赔偿：
- 提交赔偿申请：赔偿请求人应当向赔偿义务机关提交赔偿申请书，载明受害人的基本情况、具体的要求、事实根据和理由等事项。如书写有困难，可委托他人代为书写。
- 赔偿义务机关审查与决定：赔偿义务机关应在收到申请之日起两个月内作出是否赔偿的决定。期间应充分听取赔偿请求人的意见，并可就赔偿方式、项目和数额进行协商。若决定赔偿，应制作赔偿决定书并在十日内送达赔偿请求人；若决定不予赔偿，应在十日内书面通知赔偿请求人并说明理由。
- 救济途径：如果赔偿请求人对赔偿义务机关的决定不服，可以依法申请复议或提起诉讼。具体救济途径根据行政赔偿和刑事赔偿的不同而有所区别。
四、注意事项
在申请国家赔偿的过程中，赔偿请求人还需要注意以下事项：
- 赔偿请求人的资格：受害的公民、法人和其他组织有权要求赔偿。受害的公民死亡，其继承人和其他有扶养关系的亲属有权要求赔偿。受害的法人或者其他组织终止的，其权利承受人有权要求赔偿。
- 申请材料：赔偿请求人应当向赔偿义务机关提交完整的赔偿申请材料，包括赔偿申请书、相关证据材料等。
- 时效问题：赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。
综上所述，申请国家赔偿确实需要确定部门责任，即需要明确赔偿义务机关。在申请过程中，赔偿请求人应充分了解自己的权利和义务，按照规定的程序进行操作，以便更好地维护自身的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。