结论前置：若合议庭通知书已发但最终是独任审理，这确实可能构成程序违法，其法律后果及处理方式需根据具体情况来分析。
一、程序违法的认定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，人民法院审理民事案件，根据案件性质和复杂程度，可以组成合议庭进行审理，也可以由审判员一人独任审理。但关键在于，一旦确定了审理方式（合议庭或独任审理），就应当严格按照该方式执行，不得随意变更。
- 如果法院在发出合议庭通知书后，未经合法程序（如当事人同意或法律特别规定）就擅自改为独任审理，这通常会被视为程序违法。
程序违法的表现：
- 法院未按照已通知的合议庭组成进行审理，而是由一名审判员独任审理。
- 这种变更未提前告知当事人，或者虽然告知但未获得当事人的同意。
二、程序违法的法律后果
对当事人权利的影响：
- 程序违法可能损害当事人的诉讼权利，如辩论权、质证权等。因为合议庭和独任审理在审理方式、程序保障等方面存在差异，合议庭通常能提供更全面的审理和更充分的辩论机会。
- 如果程序违法导致当事人无法充分行使诉讼权利，可能构成对当事人合法权益的侵害。
对判决效力的影响：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，违反法定程序可能影响案件正确判决、裁定的，人民法院应当再审。
- 如果程序违法被认定为影响案件正确判决的因素之一，那么原判决可能会被撤销或改判。
对法院及法官的纪律处分：
- 法院或上级法院可能会对存在程序违法行为的法院或法官进行内部纪律处分，如警告、记过等。
- 在极端情况下，如果程序违法行为构成犯罪（如徇私枉法罪等），相关责任人还可能面临刑事责任。
三、应对措施及建议
当事人应如何应对：
- 如果当事人发现法院存在程序违法行为，应及时向法院提出异议，并要求法院纠正。
- 如果法院未予纠正，当事人可以在上诉或申请再审时提出程序违法的问题，作为撤销或改判原判决的理由之一。
预防程序违法的建议：
- 法院在审理案件时，应严格按照法律规定的程序进行，确保审理方式的合法性和正当性。
- 法院在变更审理方式时，应提前告知当事人并获得其同意，以保障当事人的诉讼权利。
- 当事人也应积极了解自己的诉讼权利，并在发现程序违法行为时及时提出异议和维权。
四、实际案例参考
- 在实际司法实践中，确实存在因程序违法而被撤销或改判原判决的案例。这些案例通常涉及法院未经合法程序变更审理方式、剥夺当事人诉讼权利等情形。因此，当事人和法院都应高度重视程序合法性的问题，确保司法公正和效率。
总结与启示：合议庭通知书发了但最后是独任审理，若未经合法程序变更，则构成程序违法。这可能对当事人的诉讼权利、判决效力以及法院和法官的纪律处分产生影响。因此，当事人和法院都应严格遵守法定程序，确保司法活动的合法性和正当性。如果您在遇到类似情况时有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。