有限责任公司约定股权回购在特定情形下是合法的。这一结论主要基于《中华人民共和国公司法》的相关规定，以下从多个角度进行详细分析：

1. 法定回购情形：

   • 公司连续五年盈利但未分配利润：若公司连续五年不向股东分配利润，且该五年连续盈利，并符合公司法规定的分配利润条件，却未向股东分配利润，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权。
   • 公司合并、分立或转让主要财产：当公司发生合并、分立或转让其主要财产时，如果股东对此持反对意见并投了反对票，可以要求公司回购其股权。
   • 公司章程规定的营业期限届满或解散事由出现：若公司章程中规定的营业期限届满或出现其他解散事由，但股东会通过决议修改章程以使公司继续存续，对此持反对意见并投了反对票的股东可以要求公司回购其股权。
   • 控股股东滥用权利损害其他股东利益：公司的控股股东滥用股东权利，严重损害公司或者其他股东利益的，其他股东有权请求公司按照合理的价格收购其股权。

2. 回购程序与诉讼：

   • 协商：股东在行使股权回购请求权时，首先应与公司就股权回购事宜进行协商，尝试达成股权收购协议。
   • 诉讼：若自股东会决议作出之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会决议作出之日起九十日内向人民法院提起诉讼，以保障其股权回购请求权的实现。
   • 后续处理：公司因法定情形收购的本公司股权，应当在六个月内依法转让或者注销，以确保公司资本的稳定性和合规性。

3. 约定回购的合法性基础：

   • 除了法定回购情形外，有限责任公司还可以在公司章程或股东协议中约定其他股权回购的情形和条件。这种约定回购的合法性基础在于公司自治原则，即公司有权在法律允许的范围内自主决定其内部事务，包括股权回购等。
   • 然而，约定回购必须遵守法律法规的强制性规定，不得损害公司、股东、职工和债权人的合法权益。例如，约定回购不得违反公司资本维持原则，不得导致公司资本的实质性减少。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 明确回购条件：在公司章程或股东协议中明确约定股权回购的条件、价格、程序等关键要素，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 遵循法定程序：在行使股权回购请求权时，股东应严格遵循法定程序和时间限制，以确保自身权益的有效维护。
   • 考虑税务影响：股权回购可能涉及税务问题，如个人所得税、企业所得税等。因此，在进行股权回购时，应充分考虑税务影响并咨询专业税务顾问的意见。

法律建议：

• 对于有限责任公司而言，如果希望在公司章程或股东协议中约定股权回购条款，建议咨询专业律师以确保条款的合法性和有效性。
• 股东在行使股权回购请求权时，应充分了解相关法律规定和程序要求，并保留好相关证据以支持自己的主张。
• 如果股东与公司之间就股权回购事宜产生纠纷，建议通过协商、调解或诉讼等合法途径解决争议。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。