男方带着房产和女方结婚后，男方写协议规定女方有永久居住权，这样的协议在符合法定条件的情况下是具有法律效力的。以下从多个角度进行详细分析：
一、协议的法律性质
男方与女方签订的关于房产居住权的协议，本质上属于合同范畴。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，只要该协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为有效。
二、居住权的设立
居住权定义：居住权是指居住权人有权按照合同约定，对他人的住宅享有占有、使用的用益物权，以满足生活居住的需要。
设立方式：居住权可以通过合同方式设立，也可以通过遗嘱方式设立。在本案中，男方通过协议方式为女方设立居住权，是符合法律规定的。
登记要求：根据《民法典》的规定，设立居住权，应当向登记机构申请居住权登记。居住权自登记时设立。因此，为了确保女方的居住权得到法律保护，双方应当及时办理居住权登记手续。
三、协议的具体内容
永久居住权：协议中规定的“永久居住权”需要明确具体含义。在法律上，居住权通常是有期限的，但双方可以在协议中约定较长的期限，甚至可以约定为居住权人的终身。然而，“永久”一词可能引发理解上的歧义，因此建议在协议中明确居住权的期限或终止条件。
其他条款：协议中还可以约定其他相关条款，如居住权的行使方式、维修责任、费用承担等。这些条款有助于明确双方的权利义务，减少未来可能出现的纠纷。
四、法律后果
有效协议：如果协议符合上述条件，且已经办理了居住权登记手续，那么女方就享有对该房产的居住权。男方不得随意撤销或变更该居住权，除非双方另有约定或法律另有规定。
无效协议：如果协议存在违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗的情形，或者双方意思表示不真实，那么该协议可能被认定为无效。在这种情况下，女方的居住权将无法得到法律保护。
五、建议
明确协议内容：在签订协议时，双方应当明确居住权的期限、行使方式、维修责任等关键条款，以避免未来可能出现的纠纷。
办理登记手续：为了确保女方的居住权得到法律保护，双方应当及时办理居住权登记手续。
咨询专业律师：在签订协议前，双方可以咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
作为章商秋子律师，我擅长处理经济纠纷和婚姻家庭领域的法律问题。如果您在房产居住权或其他相关方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。