书面警告本身不直接涉及扣工资是否违法的问题，但若公司以书面警告为由扣工资，则可能违法，具体取决于公司的规章制度及劳动合同的约定。以下从不同角度进行分析：

1. 书面警告的性质：

   • 书面警告通常是公司对员工违反规章制度或工作纪律的一种内部管理措施，旨在提醒员工注意并改正错误。它本身并不直接涉及经济处罚，如扣工资。

2. 扣工资的合法性：

   • 根据劳动合同和规章制度：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了因员工违反规定可以扣工资，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司以书面警告为由扣工资可能是合法的。但前提是，这些规章制度或劳动合同条款必须经过民主程序制定，且已向员工公示或告知。
   • 法律法规的限制：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。如果公司扣工资的行为没有合法依据，或者扣工资的数额超过了法定限度，那么这种行为就是违法的。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 规章制度合法性：公司应确保其规章制度或劳动合同中的扣工资条款合法有效，且已向员工明确告知。否则，这些条款可能被视为无效，公司不能以此为由扣工资。
   • 扣工资的合理性：即使公司有合法的扣工资条款，也应确保扣工资的数额合理，且与员工违反规定的程度相适应。如果扣工资的数额过高，可能被视为对员工的过度处罚。
   • 员工权益保护：员工在面对公司扣工资的行为时，应了解自己的权益，并有权要求公司出示合法的扣工资依据。如果认为公司的扣工资行为违法，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 建议：

   • 对于公司：应制定合法有效的规章制度，并确保这些规章制度已向员工公示或告知。在扣工资时，应确保有合法依据，且扣工资的数额合理。
   • 对于员工：应了解自己的权益，并在面对公司扣工资的行为时保持警惕。如果认为公司的扣工资行为违法，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，书面警告本身不直接决定扣工资是否违法，关键在于公司的规章制度及劳动合同的约定是否合法有效，以及扣工资的行为是否合理且符合法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。