结论：企业或商家限定只能开具三个月内订单发票的行为是否合法，需分情况讨论，具体如下：
- 若符合税务机关发票管理规定，且无其他违法情形，则合法
根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。但该条款未明确限定开票时间范围。
实践中，税务机关通常允许企业根据自身财务制度或系统记录能力设定合理的开票期限（如三个月内），只要该期限不违反以下原则：
- 真实性原则：企业能证明交易真实发生（如合同、付款记录、物流单据等）；
- 完整性原则：企业未通过设定期限逃避纳税义务（如故意隐匿收入、延迟开票以少缴税款）；
- 便利性原则：期限设定需合理，不得过度限制消费者合法权利（如消费者因特殊原因需补开发票时，企业仍应配合）。
示例：若企业因财务系统数据保留期限为三个月，超出后无法调取交易记录，此时限定三个月内开票具有合理性，通常不违法。
- 若以“超过三个月”为由拒绝开票，且无合理理由，则可能违法
若企业以“超过三个月”为借口拒绝开票，但实际具备开票能力（如系统可追溯历史交易、财务记录完整），或存在以下情形，则可能构成违法：
- 违反《消费者权益保护法》：消费者有权要求经营者提供发票作为购物凭证，企业无正当理由拒绝属于侵犯消费者合法权益；
- 涉嫌偷逃税款：若企业通过设定短期开票期限隐匿收入、少报应税销售额，可能面临税务机关处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款）；
- 违反合同约定：若企业与消费者在交易时明确承诺可随时开票（如通过广告、合同条款），事后单方面限制开票期限可能构成违约。
示例：消费者购买商品后一年要求开票，企业以“系统只保留三个月数据”为由拒绝，但经查实其系统可追溯全年交易记录，此时企业行为违法。
建议：
- 对消费者：若遇企业拒绝开票，可要求其出具书面拒绝理由，并保留交易凭证（如付款记录、合同），向当地税务机关举报或通过法律途径维权；
- 对企业：若需设定开票期限，建议在交易时明确告知消费者（如通过合同条款、店铺公告），并确保期限合理且符合税务管理要求，避免因期限过短引发纠纷。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。