针对您提出的“主合同约定诉讼，保证合同约定仲裁如何处理”的问题，这确实是一个涉及合同争议解决方式选择的重要法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、仲裁与诉讼的基本特性
仲裁：
- 高效性：仲裁程序相对灵活、快捷，一般能在较短的时间内作出裁决。
- 保密性：仲裁一般不公开进行，具有较好的保密性。
- 专业性：仲裁机构可以根据当事人的需求选定具有相关专业知识和经验的仲裁员。
- 一裁终局：仲裁实行一裁终局制度，裁决书自作出之日起发生法律效力。
诉讼：
- 法定性：诉讼程序严格遵循法律规定，具有较高的权威性和公信力。
- 两审终审：诉讼实行两审终审制度，当事人对一审判决不服的，可提起上诉。
- 公开性：诉讼通常以公开审理为原则，除非涉及国家秘密、个人隐私等法定不公开的情形。
二、主合同与保证合同争议解决方式的冲突
在主合同约定诉讼，而保证合同约定仲裁的情况下，由于仲裁和诉讼是相互排斥的争议解决途径，因此不能同时适用。这通常会导致以下处理方式和法律后果：
仲裁条款的独立性：
- 仲裁条款作为合同的一部分，其效力独立于主合同。即使主合同无效或终止，仲裁条款仍然有效（除非双方另有约定）。但在此情况下，由于主合同和保证合同分别约定了不同的争议解决方式，仲裁条款的独立性并不直接解决冲突。
争议解决方式的选择：
- 协商：双方可以首先尝试通过协商，就争议解决方式达成一致。
- 诉讼：如果协商不成，且主合同和保证合同的争议紧密相关，难以分割处理，那么根据主从合同关系，通常可能会倾向于选择诉讼作为争议解决方式。这是因为主合同是双方交易的主要依据，保证合同作为从合同，其争议往往与主合同紧密相连。
- 仲裁的局限性：由于保证合同中的仲裁条款仅对保证合同的双方具有约束力，如果主合同债权人选择诉讼，而保证人坚持仲裁，这可能会导致争议解决程序的分裂和效率低下。
法律后果：
- 如果双方无法就争议解决方式达成一致，且主合同债权人选择向法院提起诉讼，那么法院可能会根据主合同的约定和案件的具体情况，决定是否受理案件。同时，保证人可能会以仲裁条款为由提出管辖权异议，但这并不一定会阻止法院对案件的审理，特别是当法院认为主合同和保证合同的争议不可分割时。
三、建议
明确约定：
- 在签订合同时，双方应仔细考虑并明确约定争议解决方式。如果可能的话，尽量在主合同和保证合同中约定相同的争议解决方式，以避免后续纠纷。
协商解决：
- 在争议发生后，双方应积极协商，尝试就争议解决方式达成一致。这不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方的良好关系。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就争议解决方式达成一致，或者对法律后果存在疑问，建议寻求专业法律帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的建议和解决方案。
综上所述，主合同约定诉讼而保证合同约定仲裁的情况下，双方应优先考虑协商解决争议解决方式的冲突。如果协商不成，且主合同和保证合同的争议紧密相关，那么可能会倾向于选择诉讼作为争议解决方式。但具体处理方式还需根据案件的具体情况和相关法律法规进行判断。