结论：单位员工有假休息却被领导按旷工算，这一行为是否违法不能一概而论，需根据具体情况判断。
分析如下：
员工请假手续合法合规的情况：
- 如果员工已经按照单位规定的请假流程，提交了合法的请假申请，并且得到了相关负责人的批准，那么员工在请假期间享有合法的休息权利。此时，领导将员工按旷工处理，显然是违法的。因为旷工通常指的是员工无正当理由未到岗工作，而在此情况下，员工是有正当理由且已获得批准的。
- 法律依据：虽然具体的法律法规可能因地区和单位性质而异，但一般来说，单位应当制定合理的请假制度，并保障员工依法享受休息休假的权利。领导擅自改变已批准的请假状态，可能违反了单位内部的规章制度以及劳动法的相关规定。
员工请假手续存在瑕疵或未获批准的情况：
- 如果员工未按照单位规定的请假流程提交申请，或者提交的申请未得到相关负责人的批准，而擅自离岗休息，那么此时员工的行为可能构成旷工。在这种情况下，领导按旷工处理是合法的。
- 特殊情况：当然，也存在一些特殊情况，比如员工因突发疾病等紧急情况无法事先请假，此时应当及时向单位说明情况并补办请假手续。如果单位对此不予认可，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。
单位规章制度不合法或不合理的情况：
- 如果单位的规章制度中关于请假和旷工的规定本身就不合法或不合理，比如对请假条件设置过于苛刻、对旷工的处罚过于严厉等，那么领导依据这些不合法或不合理的规章制度将员工按旷工处理，也是违法的。
- 法律依据：根据劳动法的相关规定，单位的规章制度应当合法、合理，并且经过民主程序制定和公示。如果规章制度违反了法律法规的规定，或者未经过民主程序制定和公示，那么该规章制度对员工不具有约束力。
建议：
- 对于员工而言，如果遇到领导将自己合法请假按旷工处理的情况，应当及时与单位沟通协商，要求单位纠正错误处理决定。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于单位而言，应当制定合法、合理的规章制度，并保障员工依法享受休息休假的权利。同时，在处理员工请假和旷工问题时，应当遵循公平、公正、公开的原则，避免滥用职权损害员工的合法权益。
后续行动：
- 如果您是员工，且认为自己的合法权益受到了侵害，可以收集相关证据（如请假申请、批准记录、工作记录等），向我进一步咨询具体的维权策略。
- 如果您是单位负责人，且对如何处理员工请假和旷工问题存在疑问，也可以向我咨询相关的法律意见，以确保单位的处理决定合法合规。