结论：公司员工在合同期内是可以协议离职的，但具体操作需遵循相关法律规定。以下从不同角度详细分析：

一、协议离职的基本原则

1. 协商一致解除：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者可以协商一致解除劳动合同。这意味着，如果员工希望在合同期内离职，可以与用人单位进行沟通和协商，就离职时间、工作交接、经济补偿等相关事项达成一致意见后，即可解除劳动合同。这种方式最为灵活，也最能体现双方的意思自治。

2. 员工提前通知解除：如果双方无法就协议离职达成一致，员工也有权根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内提前三日），解除劳动合同。这种方式不需要用人单位的同意，但员工需履行提前通知的义务。

二、协议离职的具体操作

1. 提出离职意愿：员工应首先向用人单位提出离职意愿，并表达希望协商离职的意愿。这可以通过口头或书面形式进行，但为了保留证据，建议采用书面形式，如提交辞职信或离职申请。

2. 协商离职条件：双方应就离职时间、工作交接、经济补偿等事项进行协商。在协商过程中，员工应了解自己的权益，如是否应获得经济补偿、补偿的标准等。同时，也应考虑用人单位的合理需求，如工作交接的时间、方式等。

3. 签订离职协议：如果双方就离职条件达成一致，应签订离职协议，明确双方的权利和义务。离职协议应包含离职时间、工作交接事项、经济补偿金额及支付方式等关键内容。

4. 办理离职手续：在离职协议签订后，员工应按照用人单位的要求办理离职手续，如工作交接、财务结算等。同时，用人单位也应按照离职协议的约定支付经济补偿。

三、特殊情况下的离职处理

1. 用人单位存在法定过错：如果用人单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等法定过错情形，员工有权根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，立即解除劳动合同，并要求经济补偿。这种情况下，员工无需提前通知用人单位。

2. 脱密期限制：对于涉及商业秘密或国家机密的岗位，用人单位可能与员工约定脱密期。在脱密期内，员工需遵守保密义务，并在脱密期满后方可离职。但脱密期的设置不得违反法律法规的强制性规定，且应与员工协商一致。

四、离职时的注意事项

1. 保留证据：员工在离职过程中，应妥善保留相关证据，如辞职申请书、离职协议、工作交接记录、工资结算单等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中具有重要的证明作用。

2. 避免纠纷：尽量与用人单位通过友好协商的方式解决离职事宜，避免产生不必要的劳动争议和纠纷。如果双方无法协商一致，可以寻求劳动仲裁或诉讼等法律途径解决争议。

建议：如果你正面临合同期内离职的问题，建议首先与用人单位进行协商，就离职条件达成一致意见。如果协商不成，再考虑根据法律规定提前通知用人单位解除劳动合同。在离职过程中，务必保留好相关证据，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。