结论：事业单位员工在车祸中撞死人，检察院决定免予起诉（免诉）的情况下，单位是否还要处理该员工，需根据具体情况分析，单位可能基于内部管理规定、员工行为性质及后果等因素，对员工进行相应处理。以下从多个角度进行详细分析：
一、检察院免诉的法律含义
检察院免诉，即检察院对犯罪嫌疑人作出不起诉决定，意味着在法律层面，该员工未被追究刑事责任。但这并不等同于该员工的行为没有违法性或不需要承担任何责任。免诉可能基于多种原因，如犯罪情节轻微、具有自首或立功情节、认罪认罚等。
二、单位处理员工的法律依据
内部管理规定：事业单位通常有完善的内部管理规定，这些规定可能涉及员工的行为规范、职业道德、工作纪律等方面。如果员工的行为违反了这些规定，单位有权依据规定对其进行处理。
劳动合同及规章制度：员工与单位之间签订的劳动合同以及单位的规章制度中，可能明确规定了员工在违反法律法规或单位规定时应承担的责任。这些条款是单位处理员工的重要依据。
三、单位可能采取的处理措施
行政处分：根据员工行为的性质和后果，单位可能给予警告、记过、降级、撤职、开除等行政处分。这些处分旨在维护单位的正常秩序和纪律，确保员工遵守法律法规和单位规定。
经济处罚：单位还可能根据内部规定，对员工进行经济处罚，如扣发奖金、津贴等。这种处罚方式旨在通过经济手段对员工的行为进行约束和惩罚。
其他措施：除了行政处分和经济处罚外，单位还可能采取其他措施，如要求员工进行道歉、赔偿损失（如果员工的行为给单位或他人造成了损失）、参加培训等。
四、特殊情况下的处理
员工行为与职务相关：如果员工在执行职务过程中发生车祸并撞死人，且该行为被认定为职务行为，那么单位可能需要承担一定的民事赔偿责任。在这种情况下，单位对员工的处理可能更加复杂，需要综合考虑多种因素。
员工行为与职务无关：如果员工的行为与职务无关，纯粹是个人行为导致车祸并撞死人，那么单位对员工的处理可能主要基于内部管理规定和劳动合同条款。
五、建议与注意事项
及时沟通：在检察院作出免诉决定后，单位应及时与员工进行沟通，了解事故的具体情况、员工的态度以及后续的处理意愿等。
依法处理：单位在处理员工时，应严格遵守法律法规和内部管理规定，确保处理程序的合法性和公正性。
关注员工心理：车祸并撞死人可能给员工带来巨大的心理压力和负担。单位在处理员工时，应关注员工的心理状况，提供必要的心理支持和帮助。
最后，事业单位员工在车祸中撞死人且检察院免诉的情况下，单位是否还要处理该员工需根据具体情况分析。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。