开车撞死人且负主要责任的情况下，检察院有可能不起诉，但这种情况较为特殊且需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：
一、法定不起诉的情形
情节显著轻微、危害不大：
- 如果交通肇事行为虽然造成了死亡结果，但行为人负次要责任或者无责任，或者存在其他特殊情节（如被害人自身存在重大过错）使得其行为的社会危害性显著轻微，那么可以不认为是犯罪，从而检察院可能作出不起诉决定。但这种情况在开车撞死人且负主要责任的案件中较为少见。
犯罪已过追诉时效期限：
- 交通肇事罪的法定最高刑为七年以上有期徒刑。若案件发生时间久远，超过了追诉时效期限（法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年不再追诉），则检察院会作出不起诉决定。但这种情况同样较为罕见。
经特赦令免除刑罚：
- 特赦是由国家元首或国家最高权力机关以命令的方式对已受罪刑宣告的特定犯罪人，免除其全部或部分刑罚的制度。这种情况极为罕见，需要有特定的历史背景和法律程序。
二、酌定不起诉的情形
- 犯罪情节轻微：
- 如果犯罪嫌疑人虽然造成他人死亡且负主要责任，但犯罪情节相对轻微，且悔罪态度良好，如主动自首、立功、与被害人家属达成和解协议并积极赔偿取得谅解等，检察院可以基于社会危害性较低和改造可能性较大的考虑，决定不起诉。这是开车撞死人且负主要责任案件中，检察院可能作出不起诉决定的主要情形。
三、证据不足不起诉的情形
- 证据不足：
- 若案件关键证据存在瑕疵，无法确切证明犯罪嫌疑人负主要责任，或对被害人死因的鉴定存在疑问，不能排除其他因素导致死亡结果等情况，致使案件证据达不到确实、充分的起诉标准，检察院应当作出不起诉决定。
四、不起诉决定的后续处理及注意事项
公安机关复议复核：
- 若公安机关认为不起诉决定有误，可要求复议，意见不被接受时可向上一级人民检察院提请复核。
被害人申诉：
- 被害人若不服不起诉决定，可在收到决定书后七日内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉，或直接向人民法院提起自诉。
被不起诉人申诉：
- 被不起诉人若对决定不服，同样可在收到决定书后七日内向人民检察院申诉。
民事赔偿责任：
- 即便检察院决定不起诉，肇事者仍需承担民事赔偿责任，包括医疗费、丧葬费、死亡赔偿金等各项合理费用。
驾驶证处理：
- 根据《道路交通安全法》，发生重大交通事故构成犯罪的，公安机关交通管理部门将吊销机动车驾驶证，且在一定期限内（如二年）不得重新申请。
建议：在开车撞死人且负主要责任的情况下，肇事者应积极配合调查，真诚悔罪，积极赔偿并取得谅解，同时寻求专业律师的帮助，以争取最佳的法律结果。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。