公司可以起诉员工要求返还代垫的个人社保部分，但需满足特定条件并遵循法定程序。以下从法律关系、诉讼可行性、操作建议三个维度展开分析：

一、法律关系基础：公司无权直接扣缴员工工资，但可通过诉讼追偿

根据《社会保险法》第60条及《工资支付暂行规定》第16条，社保费用由用人单位和劳动者分别承担：

• 单位部分：由公司全额承担并直接向社保机构缴纳；
  
• 个人部分：由公司从员工工资中代扣代缴，但需经员工书面同意（实践中通常通过劳动合同或工资条确认）。
  

若公司未经员工同意直接垫付个人部分，则构成“无因管理”（即没有法定或约定义务，为避免他人利益受损而管理事务），公司有权依据《民法典》第979条要求员工返还垫付费用。但需注意：

1. 证据要求：公司需证明垫付事实（如社保缴费凭证、工资扣款记录缺失等）及员工拒绝返还的证据（如书面催告记录、沟通录音等）；
   
2. 程序限制：若公司已从员工工资中扣除个人部分但未缴纳至社保账户，则属于违法扣款，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿，此时公司追偿可能面临被动。

二、诉讼可行性：需区分“垫付”与“扣缴”两种情形

情形1：公司未扣缴员工工资，直接垫付个人部分

公司可起诉。此时公司与员工之间形成债权债务关系，公司作为债权人可向法院提起返还原物之诉或不当得利之诉，要求员工返还垫付的社保个人部分。
关键证据：

• 社保缴费记录（显示公司缴纳了个人部分）；
  
• 工资发放记录（证明未从员工工资中扣除个人部分）；
  
• 员工拒绝返还的书面或电子证据（如微信、邮件等）。

情形2：公司已从员工工资中扣除个人部分，但未缴纳至社保账户

公司无权起诉，且可能面临行政处罚和员工索赔。根据《社会保险法》第86条，用人单位未按时足额缴纳社保的，由社保征收机构责令限期缴纳或补足，并自欠缴之日起按日加收万分之五的滞纳金。此时员工可：

1. 向社保部门投诉，要求公司补缴；
   
2. 以公司“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同，并主张经济补偿（标准为工作年限×月工资）；
   
3. 若因公司未缴纳社保导致其无法享受社保待遇（如医疗报销、养老金损失等），可另行主张赔偿。

三、操作建议：优先协商，保留证据，谨慎诉讼

1. 协商解决：公司可先通过书面形式（如律师函、催告函）要求员工返还垫付费用，明确法律后果（如诉讼、影响征信等），多数情况下员工会配合；
   
2. 完善内部流程：未来在工资中代扣社保个人部分时，务必通过劳动合同、工资条或员工签字确认等方式固定证据，避免争议；
   
3. 诉讼风险评估：若协商无果，需评估诉讼成本（时间、律师费等）与垫付金额的比例，若金额较小，建议通过劳动监察或社保部门协调解决；
   
4. 避免违法操作：切勿直接从员工后续工资中扣除垫付费用，否则可能被认定为“未及时足额支付劳动报酬”，员工有权主张经济补偿。

总结：公司能否起诉员工返还代垫的社保个人部分，取决于是否满足“无因管理”的构成要件及证据充分性。建议优先通过协商或行政途径解决，若必须诉讼，需提前固定证据并评估成本收益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。