关于您提出的“生病住院公司扣底薪和补贴是否合法”的问题，这主要取决于公司是否按照法律法规的规定支付了病假工资，以及是否超出了法定医疗期或存在特殊规定。以下是我为您详细梳理的解答：

一、法定医疗期内的工资支付规定

1. 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作接受医疗的，根据工作年限可享受3个月至24个月的医疗期。在此期间，公司有义务支付病假工资。

2. 支付标准：病假工资或疾病救济费应不低于当地最低工资标准的80%。同时，具体支付标准还可以在标准工资的60%至100%之间确定，这通常取决于员工的工龄。例如，工龄较短的员工可能享受较低比例的病假工资，而工龄较长的员工则可能享受更高比例。

二、超出法定医疗期的工资处理

1. 公司规章与劳动合同：如果您的生病住院时间超出了法定医疗期，公司可以依据自身的规章制度和与您签订的劳动合同来处理工资问题。但重要的是，这些规定必须在劳动合同或规章制度中有明确约定，并且不违反法律法规的规定。例如，有的公司可能规定超出医疗期后按事假处理，事假期间不支付工资。

2. 特殊情况延长医疗期：对于患有特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的员工，经劳动鉴定委员会确认后，医疗期可以适当延长。在延长的医疗期内，公司同样不能随意扣减您的工资。

三、公司扣减工资的合法性判断

1. 合法性与合理性：公司在制定病假工资扣减标准时，必须确保该标准既合法又合理。扣减标准应基于法律法规的规定，并考虑到您的实际情况和公司的经营状况。如果公司随意设定扣工资标准，或者扣除比例过高且无合理解释，那么这种扣减行为就是不合理的。

2. 员工权益保护：如果您遇到不合理的病假扣工资情况，首先应与公司进行协商解决。如果协商不成，您可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式维护自身权益。在维权过程中，您需要收集相关证据，如医疗证明、工资单等，以支持您的主张。

总结与建议：

• 在法定医疗期内，公司不得随意扣除您的底薪和补贴，应按照法律法规的规定支付病假工资。
• 如果您的生病住院时间超出了法定医疗期，公司可以依据规章制度和劳动合同处理工资问题，但扣减标准必须合法且合理。
• 如果您遇到不合理的病假扣工资情况，应与公司协商解决，并在必要时采取法律措施维护自己的权益。

希望以上解答能够帮助您更好地理解这个问题，并在必要时采取适当的行动来维护自己的利益。