关于生病住院扣全勤奖是否合法的问题，结论如下：

1. 若用人单位规章制度或劳动合同未明确规定：

   • 通常情况下，不扣除全勤奖更为合理。因为病假是劳动者因身体原因无法正常工作的合理情况，若因请病假而一律扣除全勤奖，可能对劳动者造成不公平。
   • 在此情况下，建议用人单位体现人文关怀，不扣除请病假员工的全勤奖，以符合劳动法的保护原则。

2. 若用人单位规章制度或劳动合同有明确规定：

   • 若规章制度或劳动合同中明确规定了全勤奖的发放条件，并将请病假列为不享受全勤奖的情形之一，且该规章制度是依法制定的（即经过民主程序，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知），则该规定具有法律效力。
   • 在此情况下，用人单位按照规章制度扣除请病假员工的全勤奖是合法的。

详细分析：

• 规章制度的重要性：用人单位的规章制度是管理员工的重要依据，但必须依法制定，且不得违反法律法规的强制性规定。若规章制度中关于全勤奖的规定合法且合理，那么用人单位有权依据该规定执行。
• 病假工资与全勤奖的关系：即便用人单位可以因员工请病假扣除全勤奖，但在员工病假期间，仍应按照法律规定支付病假工资。根据相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。

实际操作建议：

• 劳动者：应首先查阅所在单位的规章制度或劳动合同，了解关于病假和全勤奖的具体规定。若规章制度或劳动合同中有明确规定，则按规定执行；若无明确规定，可与用人单位沟通协商，争取公平合理的处理结果。同时，保留好相关证据，如病假证明、规章制度、劳动合同等，以备不时之需。
• 用人单位：在制定规章制度时，应充分考虑劳动者的合法权益，确保规章制度合法且合理。同时，在执行规章制度时，应严格按照规定执行，避免随意扣除员工的全勤奖等福利待遇。

法律背景：

• 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》等相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。这体现了法律对劳动者在病假期间的权益保护。

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