公司员工因交通肇事被认定为主要责任时，公司需根据具体情况承担相应责任，并采取合理措施应对，具体处理方式如下：

1. 公司是否需承担民事赔偿责任
   根据《民法典》第1191条，若员工在执行工作任务时发生交通事故，公司作为用人单位需承担替代赔偿责任，即由公司向受害方赔偿损失（如医疗费、误工费等）。赔偿后，公司可依据内部规定或劳动合同向员工追偿（需有明确约定或员工存在故意/重大过失）。
   例外情形：若员工非因工作原因（如私事外出）发生事故，公司无需担责，由员工自行承担赔偿责任。

2. 公司对员工的内部处理措施

   • 纪律处分：根据公司规章制度，对员工给予警告、记过、降职或解除劳动合同等处分（需确保制度合法且已向员工公示）。
     
   • 追偿权行使：若员工存在重大过失（如酒驾、超速等），公司可依据《工资支付暂行规定》第16条，按月扣减其工资（不超过月工资20%），直至赔偿完毕。
     
   • 培训与整改：要求员工参加交通安全培训，并检查公司车辆管理、用车审批等流程是否存在漏洞，及时完善。

3. 刑事责任风险隔离
   若员工因交通肇事构成犯罪（如交通肇事罪），公司本身无需承担刑事责任，但需配合司法机关调查，并提供相关证据（如行车记录、任务派单记录等）。
   注意：若公司存在指使员工违章驾驶等情形，可能构成共同犯罪，需立即终止相关行为并自查合规风险。

4. 保险理赔与风险转移

   • 交强险与商业险：优先通过车辆保险理赔，降低公司实际损失。
     
   • 雇主责任险：若公司投保该险种，可向保险公司申请赔付员工因事故导致的公司损失（如对第三方的赔偿、追偿失败等）。

建议行动步骤：

1. 立即核实事故是否与工作相关，固定证据（如任务单、行车路线记录）；
   
2. 评估员工过错程度，决定是否追偿及追偿比例；
   
3. 联系保险公司报案，启动理赔程序；
   
4. 修订内部用车管理制度，加强员工安全教育。
   

如有进一步细节需分析（如事故具体情节、公司制度内容等），可直接向我咨询。