在解答您关于工资补偿是按约定工资还是实际发放工资计算的问题时，我们需要综合考虑相关法律规定及实践情况。
首先，明确结论：
工资补偿或经济补偿的计算，通常基于劳动者在劳动合同解除或终止前的应发工资，而非实发工资或单纯的合同工资。但具体还需根据赔偿情形和相关法律规定来确定。
接下来，我们详细解析法律依据与一般原则：
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：
- 该条款规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以月工资为标准进行支付。这里的月工资，指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：
- 该条款进一步明确，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
然后，我们针对不同情形进行具体分析：
经济补偿金与赔偿金（涉及劳动关系解除或终止）：
- 通常按劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的应发工资的平均值计算。
- 如果劳动者月平均工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算。
- 赔偿金为经济补偿金的二倍，适用于用人单位违法解除或终止劳动合同的情形。
工伤赔偿中的本人工资：
- 指的是工伤职工因工作遭受事故伤害或患职业病前12个月平均月缴费工资。
- 若缴费工资与实际工资不一致，一般按实际工资（即应发工资）计算，但需注意有上限和下限规定。
特殊情况处理：
- 在实际工资难以确定时，可能会参照合同工资，但这种情况相对较少见。
- 如果双方明确约定以合同工资作为赔偿计算标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按合同工资计算。
- 对于高收入劳动者，如果其月工资高于当地职工月平均工资三倍，经济补偿金的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
最后，实际操作注意事项：
- 在计算经济补偿金或赔偿金时，务必确保使用的是应发工资，即包含所有货币性收入（如基本工资、绩效工资、奖金、津贴等）的总额。
- 劳动者应了解自己的权益，确保在面临劳动合同解除或终止时能够获得与其实际贡献和应得收入相符的经济补偿。
综上所述，工资补偿或经济补偿的计算主要基于应发工资，但在特定情形下也可能考虑实际工资或合同工资。因此，在处理相关事宜时，建议您仔细审查法律规定和合同条款，以确保自己的合法权益得到充分保障。