结论：父亲出资购买但登记在儿子名下的房子，父亲可以通过与儿子签订产权协议来维护自己的权益，但协议的具体内容和效力需根据实际情况和法律规定来确定。

分析说明：

1. 产权协议的法律基础：

   • 产权协议，本质上是一种合同，它受到《中华人民共和国民法典》合同编的调整。只要协议内容合法、双方意思表示真实且不违反公序良俗，该协议就具有法律效力。
   • 在房屋产权方面，虽然房屋登记在儿子名下，但如果父亲能证明购房资金的来源，并且与儿子签订了明确的产权协议，那么这份协议可以作为父亲对房屋享有权益的法律依据。

2. 产权协议的内容要点：

   • 协议应明确房屋的实际出资人、产权归属比例（如果父亲并非完全拥有产权，而是与儿子共有）、房屋的使用、管理、收益和处分等事项。
   • 协议中可以约定，在特定条件下（如儿子违反协议约定、父亲需要资金等），房屋产权的转移或变更方式。
   • 协议应注明签订日期，并由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。

3. 产权协议的效力与风险：

   • 如果产权协议内容合法、双方意思表示真实，且已经办理了相关登记手续（如需要的话），那么该协议对双方具有法律约束力。
   • 但需要注意的是，如果房屋已经登记在儿子名下，且没有办理产权变更登记手续，那么从法律外观上看，房屋仍属于儿子所有。此时，如果儿子擅自处分房屋（如出售、抵押等），可能会给父亲带来法律风险。
   • 为了降低风险，父亲可以在与儿子签订产权协议的同时，要求儿子办理房屋产权的抵押登记或设立居住权等，以增加对房屋的控制力。

4. 实际操作建议：

   • 在签订产权协议前，父亲应充分了解相关法律法规和政策，确保协议内容合法有效。
   • 协议签订后，双方应妥善保管协议原件，并可以考虑进行公证或律师见证，以增强协议的证明力。
   • 如果可能的话，父亲可以与儿子共同到房地产管理部门办理相关登记手续，以进一步明确房屋的产权归属。

特殊场景提醒：

• 如果父亲出资购房时，儿子尚未成年或存在其他特殊情况（如儿子无民事行为能力或限制民事行为能力），那么产权协议的签订和履行可能会受到更多限制和约束。此时，父亲应咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保障。

后续行动建议：

• 如果你或你的父亲在签订产权协议过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据你们的实际情况和需求，提供专业的法律建议和帮助。