应按照实际收到的300万金额来开票。以下是具体分析：

1. 合同金额与实际履行金额不一致时的开票原则：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法规，发票的开具应当基于实际发生的交易金额。合同金额虽为双方约定的交易总额，但实际履行过程中，若存在金额变更（如减少支付），则应以实际履行金额为准开具发票。
   • 在您的情况下，合同约定支付500万，但实际仅支付了300万，因此应按照实际收到的300万金额来开具发票。

2. 合同变更与发票开具的关联：

   • 如果合同双方对金额变更已达成书面协议或通过其他方式（如邮件、短信等）确认，且该变更不违反法律法规的强制性规定，则该变更对双方具有约束力。此时，发票开具应反映变更后的实际交易金额。
   • 若合同金额变更未得到双方明确确认，或存在争议，建议先通过协商、调解或诉讼等方式解决争议，明确实际应支付的金额后，再据此开具发票。

3. 税务合规与风险防范：

   • 严格按照实际交易金额开具发票，是遵守税收法规、避免税务风险的重要一环。虚开发票（如按合同金额而非实际金额开具）可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等，甚至可能涉及刑事责任。
   • 因此，为确保税务合规，建议您在开具发票前，与付款方确认实际支付金额，并留存相关证据（如银行转账记录、收款确认书等），以备税务机关查验。

4. 后续处理建议：

   • 如果合同金额与实际支付金额存在差异，且该差异未得到双方明确确认，建议您及时与付款方沟通，明确实际应支付的金额，并协商修改合同或签订补充协议。
   • 在沟通无果或存在争议的情况下，您可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。