结论：实际的打款金额与合同金额存在微小差异（如三两3毛钱），但开票按合同金额开具，这种做法在一般情况下并不违法，但可能涉及合同履行和税务处理的细节问题，需根据具体情况判断其合理性。以下从不同角度进行分析：
一、合同履行角度
合同金额与实际打款金额的差异：
- 合同是双方意思表示一致的产物，合同金额是双方约定的交易金额。
- 实际打款金额与合同金额存在微小差异，可能由于银行手续费、汇率变动、计算误差等原因造成。
- 如果这种差异是双方事先约定或事后认可的，且不影响合同的主要目的和履行，那么这种差异通常是被接受的。
开票金额与合同金额的一致性：
- 开票金额通常应与合同金额一致，以反映真实的交易情况。
- 如果实际打款金额与合同金额存在微小差异，但开票金额仍按合同金额开具，这可能意味着双方对这部分差异进行了某种形式的处理（如由一方承担费用、作为折扣或优惠等）。
- 只要这种处理方式不违反法律法规和合同约定，且双方对此无异议，那么这种做法是合理的。
二、税务处理角度
发票的开具要求：
- 根据税务法规，发票的开具应真实反映交易情况，包括交易金额、交易内容等。
- 如果开票金额与实际交易金额不符，可能涉及虚开发票等税务违法行为。
微小差异的处理：
- 对于实际打款金额与合同金额之间的微小差异，如果这种差异在税务上被视为可忽略不计（如符合税务机关规定的误差范围），那么开票金额仍按合同金额开具可能不会被视为违法行为。
- 但如果这种差异较大或频繁出现，且无法合理解释其原因，那么可能引起税务机关的注意，并可能面临税务处罚的风险。
三、法律建议
审查合同条款：
- 双方应仔细审查合同条款，特别是关于交易金额、付款方式、发票开具等方面的约定。
- 如果合同中有关于金额差异的处理方式或允许一定范围内的误差的条款，那么应按照合同约定执行。
沟通协商：
- 如果实际打款金额与合同金额存在差异，且双方对此有异议或未事先约定处理方式，那么应及时沟通协商，达成一致意见。
- 可以通过补充协议、书面确认等方式明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。
遵守税务法规：
- 双方应严格遵守税务法规，确保发票的开具真实反映交易情况。
- 如果存在金额差异，应及时向税务机关申报并说明原因，避免虚开发票等税务违法行为。
总结：实际的打款金额与合同金额存在微小差异但开票按合同金额开具的做法，在一般情况下并不违法，但需根据合同条款、双方约定以及税务法规进行具体判断。如果双方对此无异议且符合税务机关的规定，那么这种做法是合理的。但为了避免后续纠纷和税务风险，建议双方在合同中明确金额差异的处理方式，并严格遵守税务法规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。