针对你提出的“合同约定了金额不符合规定扣款了发票要怎么开”的问题，我们可以从以下几个方面来详细分析并给出建议：

1. 核心结论：

   • 在金额不符合合同约定并发生扣款的情况下，开具发票应基于实际支付的金额，并确保发票内容与实际交易相符，遵守税法及相关规定。

2. 具体分析与建议：

   • 发票开具原则：

     • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
     • 发票上的金额应当与实际支付的金额一致，不得开具与实际交易不符的发票。

   • 扣款处理：

     • 如果合同约定的金额与实际支付的金额不符，且存在扣款情况，首先应明确扣款的原因和依据，确保扣款的合法性。
     • 扣款后，实际支付的金额即为应开具发票的金额。

   • 发票开具操作：

     • 在开具发票时，应注明商品或服务的名称、规格型号、单位、数量、单价、金额等详细信息，并确保这些信息与实际交易相符。
     • 如果合同中有关于扣款和发票开具的特别约定，应按照合同约定执行。

   • 税务合规：

     • 开具发票后，应确保发票的合规性，包括但不限于发票的格式、内容、印章等方面的要求。
     • 同时，应关注税务申报和缴纳的相关事项，确保税务合规。

   • 沟通与协商：

     • 在处理此类问题时，建议与合同对方进行充分沟通，明确扣款的原因和金额，并就发票开具事宜达成一致意见。
     • 如果双方存在争议，应寻求法律途径解决。

综上所述，当合同约定金额与实际支付金额不符并发生扣款时，应基于实际支付的金额开具发票，并确保发票内容与实际交易相符。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。